PDB-3tn4: Crystal structure of GkaP mutant G209D from Geobacillus kaustophi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tn4

タイトル

Crystal structure of GkaP mutant G209D from Geobacillus kaustophilus HTA426

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / phosphotriesterase / lactonase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

An, J. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Wu, G.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Engineering a thermostable lactonase for enhanced phosphotriesterase activity against organophosphate pesticides
著者: An, J. / Zhang, Z. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Wu, G.

履歴

登録	2011年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tn4.cif.gz	302.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tn4.ent.gz	244 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tn4_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tn4_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	3tn4_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	3tn4_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tn3C 3tn5C 3tn6C 3tnbC 4wvxC 3orwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ch9-d 4xag-d 3htw-2 4keu-2 2vc5-1 6jsu-d 4pbe-d 4kev-2 4j35-2 3wml-1 4gy0-d 3urq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

B: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.302, 88.378, 89.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 320 / Label seq-ID: 37 - 354

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 40094.512 Da / 分子数: 2 / 変異: G209D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL 参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 903 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 13% PEG 8000, 8% ethylene glycol, 2% glycerol, 0.05M sodium hepes pH7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 118387 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	4.5	0.443	1	83.7
1.55-1.62	5.4	0.369	1	92.6
1.62-1.69	5.8	0.281	1	93.3
1.69-1.78	5.9	0.195	1	93.3
1.78-1.89	5.9	0.129	1	93.3
1.89-2.04	6.1	0.083	1	94.1
2.04-2.24	6.3	0.057	1	95.5
2.24-2.56	6.7	0.051	1	98.4
2.56-3.23	7.4	0.051	1	99.3
3.23-50	7.5	0.034	1	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ORW

3orw

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.699 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19829	5946	5 %	RANDOM
R_work	0.18069	-	-	-
obs	0.18157	112415	94.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.568 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	-0 Å²	-0.84 Å²
2-	-	0.21 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5104	0	4	903	6011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.961	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.586	5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.155	23.73	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.245	15	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.107	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.392	1.5	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.758	2	5166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.387	3	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.38	4.5	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2505 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
MEDIUM THERMAL	0.46	2

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	370	-
R_work	0.304	7051	-
obs	-	-	81.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5098	0.2816	0.155	0.5931	0.183	0.2923	-0.0071	-0.0149	0.0604	0.0165	-0.0143	0.0247	-0.0026	0.0111	0.0214	0.076	0.005	0.001	0.0743	-0.0084	0.0745	17.513	-3.1549	28.4913
2	0.2122	0.245	0.1444	0.2948	0.1691	0.0988	-0.0026	0.0183	0.0068	0.0102	0.0026	0.01	0.0037	0.0104	0	0.0089	-0.0033	0.0014	0.0223	-0.0019	0.0006	5.8913	-18.2299	22.404
3	0.4706	0.2096	0.2636	0.4914	0.2578	0.4039	0.019	0.064	-0.0654	0.0279	-0.0069	0.0053	0.0205	0.0102	-0.0121	0.0736	0.0093	-0.0075	0.085	-0.0284	0.0765	-4.1331	-33.3075	16.3542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 326
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	501 - 945
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 958
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 326
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	401 - 402

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