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万見
- PDB-3tn2: structure analysis of MIP1-beta P8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tn2
タイトルstructure analysis of MIP1-beta P8A
要素C-C motif chemokine 4
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / establishment or maintenance of cell polarity ...CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / establishment or maintenance of cell polarity / Interleukin-10 signaling / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of calcium-mediated signaling / cytokine activity / response to virus / response to toxic substance / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Guo, Q. / Tang, W.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of human CCL18, CCL3, and CCL4 reveal molecular determinants for quaternary structures and sensitivity to insulin-degrading enzyme.
著者: Liang, W.G. / Ren, M. / Zhao, F. / Tang, W.J.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8814
ポリマ－7,6851
非ポリマー1963
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: C-C motif chemokine 4
ヘテロ分子

A: C-C motif chemokine 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7628
ポリマ－15,3692
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area8060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.062, 36.972, 31.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 4 / G-26 T-lymphocyte-secreted protein / HC21 / Lymphocyte activation gene 1 protein / LAG-1 / MIP-1- ...G-26 T-lymphocyte-secreted protein / HC21 / Lymphocyte activation gene 1 protein / LAG-1 / MIP-1-beta(1-69) / Macrophage inflammatory protein 1-beta / MIP-1-beta / PAT 744 / Protein H400 / SIS-gamma / Small-inducible cytokine A4 / T-cell activation protein 2 / ACT-2


分子量: 7684.602 Da / 分子数: 1 / 断片: MIP-1-beta(3-69) (UNP residues 24-91) / 変異: P8A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL4, LAG1, MIP1B, SCYA4 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13236
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 15% v/v ethanol, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M zinc acetate, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 6944 / Num. obs: 6611 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 1.6 Å / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.026 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19909 326 4.7 %RANDOM
Rwork0.1572 ---
obs0.15927 6611 95.22 %-
all-6944 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.82 Å20 Å21.23 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数537 0 3 60 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.022553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0741.958755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.269567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8832425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0161585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.65153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3141.5343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0042558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1013210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8514.5197
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.646 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 23 -
Rwork0.194 433 -
obs--85.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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