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万見
- PDB-3tmr: IrisFP, planar chromophore -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tmr
タイトルIrisFP, planar chromophore
要素Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Beta-can
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFITE ION / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
類似検索 - 構成要素
生物種Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Adam, V. / Carpentier, P. / Roy, A. / Field, M. / Bourgeois, D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: The nature of transient dark States in a photoactivatable fluorescent protein.
著者: Roy, A. / Field, M.J. / Adam, V. / Bourgeois, D.
履歴
登録2011年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Structure summary
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
B: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
C: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
D: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,31427
ポリマ－106,1684
非ポリマー2,14523
水16,015889
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area32860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.840, 96.510, 140.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP


分子量: 26542.023 Da / 分子数: 4 / 変異: F173S, F191L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Ammonium sulfate, bicine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→79.5 Å / Num. obs: 74096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→12.984 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.77 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 3698 4.99 %RANDOM
Rwork0.1566 ---
obs0.1585 74096 95.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.849 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.6584 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.2553 Å20 Å2
3----6.4031 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→12.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7134 0 111 889 8134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22410095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6382737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02620.2651420.19822605X-RAY DIFFRACTION93
2.0262-2.05390.24141360.18872727X-RAY DIFFRACTION96
2.0539-2.08310.21031360.18142674X-RAY DIFFRACTION96
2.0831-2.11410.24311570.16722709X-RAY DIFFRACTION96
2.1141-2.1470.21511340.16142696X-RAY DIFFRACTION96
2.147-2.1820.20881470.15462730X-RAY DIFFRACTION96
2.182-2.21940.21881430.1642713X-RAY DIFFRACTION96
2.2194-2.25960.22991330.17492670X-RAY DIFFRACTION95
2.2596-2.30280.21921500.1672719X-RAY DIFFRACTION96
2.3028-2.34960.21181320.16632725X-RAY DIFFRACTION97
2.3496-2.40030.20881510.16572721X-RAY DIFFRACTION97
2.4003-2.45580.24191370.17272722X-RAY DIFFRACTION96
2.4558-2.51680.24441450.16672698X-RAY DIFFRACTION96
2.5168-2.58430.18611330.17322760X-RAY DIFFRACTION96
2.5843-2.65970.20081480.15762713X-RAY DIFFRACTION96
2.6597-2.74480.23131490.15882726X-RAY DIFFRACTION96
2.7448-2.84190.20231380.16852718X-RAY DIFFRACTION95
2.8419-2.95440.21281440.17132711X-RAY DIFFRACTION96
2.9544-3.08720.22891460.17692721X-RAY DIFFRACTION95
3.0872-3.24750.2381410.16772704X-RAY DIFFRACTION95
3.2475-3.44740.17141410.15932698X-RAY DIFFRACTION94
3.4474-3.70790.16031480.1412706X-RAY DIFFRACTION94
3.7079-4.07050.17131380.12952707X-RAY DIFFRACTION94
4.0705-4.63590.1421440.1152699X-RAY DIFFRACTION94
4.6359-5.75490.14881420.13272708X-RAY DIFFRACTION92
5.7549-12.98420.16991430.17492718X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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