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万見
- PDB-3tmo: The catalytic domain of human deubiquitinase DUBA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tmo
タイトルThe catalytic domain of human deubiquitinase DUBA
要素OTU domain-containing protein 5
キーワードHYDROLASE / OTU fold / Deubiquitinase / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of TORC2 signaling / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / neural crest cell differentiation / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of type I interferon production / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of TORC2 signaling / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / neural crest cell differentiation / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of type I interferon production / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / response to lipopolysaccharide / proteolysis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #90 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #180 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #90 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #180 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OTU domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yin, J. / Bosanac, I. / Ma, X. / Hymowitz, S. / Starovasnik, M. / Cochran, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Phosphorylation-dependent activity of the deubiquitinase DUBA.
著者: Huang, O.W. / Ma, X. / Yin, J. / Flinders, J. / Maurer, T. / Kayagaki, N. / Phung, Q. / Bosanac, I. / Arnott, D. / Dixit, V.M. / Hymowitz, S.G. / Starovasnik, M.A. / Cochran, A.G.
履歴
登録2011年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OTU domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5991
ポリマ－21,5991
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: OTU domain-containing protein 5

A: OTU domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1972
ポリマ－43,1972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.658, 66.658, 82.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 OTU domain-containing protein 5 / Deubiquitinating enzyme A / DUBA


分子量: 21598.607 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic or OTU domain (Residues 172-351) / 変異: 3.4.19.12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUBA, OTUD5 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q96G74, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8 M succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月7日
放射モノクロメーター: a high resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 22276 / Num. obs: 21875 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1866 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.184 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27615 503 4.8 %RANDOM
Rwork0.24308 ---
obs0.24459 10073 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20.18 Å2-0 Å2
2--0.37 Å2-0 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1157 0 0 56 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.9091599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1655139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35724.57170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43415200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.701157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53921130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1053483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4724.5469
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 39 -
Rwork0.287 756 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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