[日本語] English
万見
- PDB-3tma: Crystal structure of TrmN from Thermus thermophilus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tma
タイトルCrystal structure of TrmN from Thermus thermophilus
要素methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold methyltransferase / THUMP domain / tRNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine6-N2)-methyltransferase / tRNA processing / methyltransferase activity / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VC0802-like - #30 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / VC0802-like / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...VC0802-like - #30 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / VC0802-like / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / tRNA (guanine(6)-N2)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Fislage, M. / Roovers, M. / Tuszynska, I. / Bujnicki, J.M. / Droogmans, L. / Versees, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the tRNA:m2G6 methyltransferase Trm14/TrmN from two domains of life.
著者: Fislage, M. / Roovers, M. / Tuszynska, I. / Bujnicki, J.M. / Droogmans, L. / Versees, W.
履歴
登録2011年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Other
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1732
ポリマ－39,0781
非ポリマー951
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: methyltransferase
ヘテロ分子

A: methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3464
ポリマ－78,1562
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area1910 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.860, 65.860, 144.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-673-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 methyltransferase


分子量: 39078.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TTC1157, TT_C1157 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q72IH5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 100 mM citrate/phosphate, 15% PEG 6000, 200 mM NaCl, 100 mM sodium citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月27日
放射モノクロメーター: monochromator (horizontally side diffracting Silicon 111 crystal)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 23538 / Num. obs: 23534 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 22.1 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 7.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TLJ

3tlj


解像度: 2.05→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.886 / SU ML: 0.098 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21176 1177 5 %RANDOM
Rwork0.15423 ---
obs0.15707 22355 100 %-
all-23534 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2595 0 5 196 2796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9953699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7535348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.36220.25120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28915445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9921541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0222102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4551.51682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.47722690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.84131033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0924.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 85 -
Rwork0.178 1617 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4655-0.5160.53211.1338-0.1931.5339-0.0688-0.03720.00050.06160.0868-0.105-0.00960.0498-0.01790.0824-0.01490.01210.0905-0.01660.015413.2632.98855.408
22.7720.4161.87650.18170.47091.57660.03380.2555-0.06980.03570.0348-0.0410.06040.1502-0.06860.1534-0.00040.00830.17750.01020.09243.64628.30846.109
31.82780.4252-0.36921.0698-0.68953.6175-0.06780.131-0.1075-0.10960.0856-0.03460.329-0.0326-0.01770.0448-0.02980.00180.1026-0.03320.0179-11.722.43228.168
44.9408-0.40071.07630.90180.49992.1619-0.15060.1252-0.0805-0.05190.14540.0453-0.08480.10350.00520.0752-0.02570.01290.12970.02810.0472-0.39833.54124.057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2A134 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3A184 - 296
4X-RAY DIFFRACTION4A297 - 335

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る