[日本語] English
万見
- PDB-3tky: Monolignol o-methyltransferase (momt) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tky
タイトルMonolignol o-methyltransferase (momt)
要素(Iso)eugenol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / DIRECTED EVOLUTION / SATURATION MUTAGENESIS / REGIOSELECTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


(iso)eugenol O-methyltransferase / (iso)eugenol O-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine:eugenol-O-methyltransferase activity / : / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-2-methoxyphenol / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / (Iso)eugenol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clarkia breweri (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Bhuiya, M.W. / Liu, C.J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: An engineered monolignol 4-o-methyltransferase depresses lignin biosynthesis and confers novel metabolic capability in Arabidopsis.
著者: Zhang, K. / Bhuiya, M.W. / Pazo, J.R. / Miao, Y. / Kim, H. / Ralph, J. / Liu, C.J.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: (Iso)eugenol O-methyltransferase
B: (Iso)eugenol O-methyltransferase
C: (Iso)eugenol O-methyltransferase
D: (Iso)eugenol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,23512
ポリマ－159,9774
非ポリマー2,2588
水2,990166
1
A: (Iso)eugenol O-methyltransferase
B: (Iso)eugenol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1186
ポリマ－79,9882
非ポリマー1,1294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
2
C: (Iso)eugenol O-methyltransferase
D: (Iso)eugenol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1186
ポリマ－79,9882
非ポリマー1,1294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.855, 152.160, 68.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
(Iso)eugenol O-methyltransferase / S-adenosysl-L-methionine:(Iso)eugenol O-methyltransferase / IEMT


分子量: 39994.152 Da / 分子数: 4 / 変異: T133L, E165I, F175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clarkia breweri (植物) / 遺伝子: IEMT1 / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: O04385, (iso)eugenol O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-N7I / 4-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-2-methoxyphenol / Coniferyl alcohol / (E)-コニフェリルアルコ-ル


分子量: 180.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O3
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: 27% PEG 4000, 0.3M MAGNESIUM NITRATE AND 2 MM DTT, PH 7.1, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 52117 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4288 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
CNS1.1精密化
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KYZ

1kyz


解像度: 2.47→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 10.125 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2447 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.197 45423 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å2-0.74 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10743 0 156 166 11065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02211158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8281.9915151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09151391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80124.728423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.419151835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1521528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8181.57002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.549211278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53334156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0724.53873
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 178 -
Rwork0.252 3394 -
obs--99.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る