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万見
- PDB-3tkc: Design, Synthesis, Evaluation and Structure of Vitamin D Analogue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tkc
タイトルDesign, Synthesis, Evaluation and Structure of Vitamin D Analogues with Furan Side Chains
要素Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-helical sandwich / calcitriol / phosphorylation / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity ...: / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / nuclear steroid receptor activity / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / intracellular calcium ion homeostasis / nuclear receptor activity / calcium ion transport / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FMV / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Huet, T. / Moras, D. / Rochel, N.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2012
タイトル: Design, synthesis, evaluation, and structure of vitamin D analogues with furan side chains.
著者: Fraga, R. / Zacconi, F. / Sussman, F. / Ordonez-Moran, P. / Munoz, A. / Huet, T. / Molnar, F. / Moras, D. / Rochel, N. / Maestro, M. / Mourino, A.
履歴
登録2011年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0254
ポリマ－29,3921
非ポリマー6333
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.018, 51.622, 132.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 29391.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-FMV / (1S,3R,5Z,7E,14beta,17alpha,20S)-20-[5-(1-hydroxy-1-methylethyl)furan-2-yl]-9,10-secopregna-5,7,10-triene-1,3-diol / (20S)-1α-ヒドロキシ-20-[5-(1-ヒドロキシ-1-メチルエチル)-2-フラニル]-22,23,24,25(以下略)


分子量: 440.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH6.0, 1.4 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 32327 / Num. obs: 32016 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 14.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IE9

1ie9


解像度: 1.75→9.991 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1831 1600 5.06 %random
Rwork0.1581 ---
obs0.1593 31592 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.663 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0818 Å20 Å20 Å2
2--0.5618 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→9.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 42 365 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4812955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.716841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80620.2181500.19032714X-RAY DIFFRACTION100
1.8062-1.87030.20771510.18312702X-RAY DIFFRACTION100
1.8703-1.94470.21961480.16642685X-RAY DIFFRACTION100
1.9447-2.03250.18651390.15252723X-RAY DIFFRACTION100
2.0325-2.13860.18091410.13742732X-RAY DIFFRACTION100
2.1386-2.27120.16641310.14012735X-RAY DIFFRACTION100
2.2712-2.44410.16461360.15182733X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.68580.18911530.1622720X-RAY DIFFRACTION99
2.6858-3.06450.18631570.16892711X-RAY DIFFRACTION99
3.0645-3.82460.18291450.1452754X-RAY DIFFRACTION98
3.8246-9.99090.16241490.15362783X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5596 Å / Origin y: 20.3852 Å / Origin z: 42.0451 Å
111213212223313233
T0.062 Å2-0.0063 Å2-0.0088 Å2-0.0578 Å2-0.0075 Å2--0.0623 Å2
L0.6273 °2-0.124 °20.215 °2-0.5331 °20.0214 °2--0.7547 °2
S-0.0068 Å °-0.0336 Å °0.0737 Å °0.045 Å °-0.004 Å °-0.022 Å °-0.0025 Å °0.0166 Å °0.0122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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