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万見
- PDB-3tjz: Crystal Structure of Arf1 Bound to the gamma/zeta-COP Core Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tjz
タイトルCrystal Structure of Arf1 Bound to the gamma/zeta-COP Core Complex
要素
  • ADP-ribosylation factor 1
  • Coatomer subunit gamma
  • Coatomer subunit zeta-1
キーワードprotein transport/protein binding / protein trafficking / Golgi membrane / protein transport-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / organelle membrane contact site ...Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / organelle membrane contact site / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / Golgi vesicle transport / positive regulation of mitochondrial fusion / organelle transport along microtubule / regulation of fatty acid metabolic process / Golgi to plasma membrane transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / small monomeric GTPase / macroautophagy / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Beta-Lactamase - #60 / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain ...Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Beta-Lactamase - #60 / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Beta-Lactamase / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / ADP-ribosylation factor 1 / Coatomer subunit zeta-1 / Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Goldberg, J. / Yu, X. / Breitman, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: A structure-based mechanism for arf1-dependent recruitment of coatomer to membranes.
著者: Yu, X. / Breitman, M. / Goldberg, J.
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor 1
B: Coatomer subunit gamma
C: Coatomer subunit zeta-1
D: ADP-ribosylation factor 1
E: Coatomer subunit gamma
F: Coatomer subunit zeta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,13410
ポリマ－151,0416
非ポリマー1,0934
水00
1
A: ADP-ribosylation factor 1
B: Coatomer subunit gamma
C: Coatomer subunit zeta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0675
ポリマ－75,5213
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
2
D: ADP-ribosylation factor 1
E: Coatomer subunit gamma
F: Coatomer subunit zeta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0675
ポリマ－75,5213
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.579, 163.579, 145.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 18665.225 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 18-181 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARF1, YDL192W, D1244 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11076
#2: タンパク質 Coatomer subunit gamma / Gamma-coat protein / Gamma-COP


分子量: 39375.480 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COPG / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi-5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53620
#3: タンパク質 Coatomer subunit zeta-1 / Zeta-1-coat protein / Zeta-1 COP


分子量: 17479.992 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COPZ1, COPZ / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi-5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35604
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9% PEG 400, 0.1 M MES-NaOH pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45 Å / Num. all: 83327 / Num. obs: 83327 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→45 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 3782 4.54 %
Rwork0.2062 --
obs0.2087 83278 99.88 %
all-83278 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.642 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.433 Å20 Å20 Å2
2--1.433 Å2-0 Å2
3----2.866 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8904 0 66 0 8970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28512340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.723402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9005-2.93720.39251390.31232890X-RAY DIFFRACTION98
2.9372-2.97580.40351330.27242963X-RAY DIFFRACTION100
2.9758-3.01660.35151420.28352887X-RAY DIFFRACTION100
3.0166-3.05970.38641400.25232962X-RAY DIFFRACTION100
3.0597-3.10530.28621420.23612954X-RAY DIFFRACTION100
3.1053-3.15390.27261410.21472946X-RAY DIFFRACTION100
3.1539-3.20550.29891390.22052977X-RAY DIFFRACTION100
3.2055-3.26080.33391400.2272932X-RAY DIFFRACTION100
3.2608-3.32010.31721340.22562954X-RAY DIFFRACTION100
3.3201-3.38390.32691430.22512934X-RAY DIFFRACTION100
3.3839-3.4530.31781430.22962942X-RAY DIFFRACTION100
3.453-3.52810.27621410.20832953X-RAY DIFFRACTION100
3.5281-3.61010.25311420.20352945X-RAY DIFFRACTION100
3.6101-3.70030.26711400.20282942X-RAY DIFFRACTION100
3.7003-3.80040.24351420.18192961X-RAY DIFFRACTION100
3.8004-3.91210.22561400.18422941X-RAY DIFFRACTION100
3.9121-4.03840.28081410.1952942X-RAY DIFFRACTION100
4.0384-4.18260.31531380.19772949X-RAY DIFFRACTION100
4.1826-4.350.21651410.17382948X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.54780.21241430.16012956X-RAY DIFFRACTION100
4.5478-4.78740.24131420.16182936X-RAY DIFFRACTION100
4.7874-5.0870.1921390.17762952X-RAY DIFFRACTION100
5.087-5.47930.27671430.19792952X-RAY DIFFRACTION100
5.4793-6.02980.29121370.23952945X-RAY DIFFRACTION100
6.0298-6.90030.27471360.23722954X-RAY DIFFRACTION100
6.9003-8.68560.20431370.18672943X-RAY DIFFRACTION100
8.6856-48.73470.22051440.23052936X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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