PDB-3tj8: Crystal structure of Helicobacter pylori UreE bound to Ni2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tj8

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori UreE bound to Ni2+

要素

Urease accessory protein ureE

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.591 Å

データ登録者

Banaszak, K. / Bellucci, M. / Zambelli, B. / Rypniewski, W.R. / Ciurli, S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic and X-ray absorption spectroscopic characterization of Helicobacter pylori UreE bound to Ni2+ and Zn2+ reveals a role for the disordered C-terminal arm in metal trafficking.
著者: Banaszak, K. / Martin-Diaconescu, V. / Bellucci, M. / Zambelli, B. / Rypniewski, W. / Maroney, M.J. / Ciurli, S.

履歴

登録	2011年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tj8.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tj8.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tj8_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tj8_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
XML形式データ	3tj8_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	3tj8_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tj9C 3tjaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tj9-2 3lha-2 3lh9-1 1cf1-2 4zrg-d 3gd1-1 2r51-d 3lh8-2 3lha-1 3lh8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Urease accessory protein ureE

B: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

39.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.552, 117.145, 98.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-189- HOH
2	1	B-253- HOH

#1: タンパク質	Urease accessory protein ureE 分子量: 19437.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureE, HP_0070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09064
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO GB ABM16833.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 4.0M sodium formate, 0.1M sodium acetate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91885 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91885 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→58.57 Å / Num. all: 51702 / Num. obs: 51702 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.448 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TJ8

3tj8

解像度: 1.591→58.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.887 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21115	2629	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18498	-	-	-
obs	0.18629	48955	97.69 %	-
all	-	48955	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.591→58.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2342	0	31	154	2527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.022	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.576	1.979	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.101	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.032	24.074	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.191	15	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.308	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.187	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.641	1.5	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.523	2	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.027	3	917
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.235	4.5	857
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.591→1.632 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	168	-
R_work	0.315	3242	-
obs	-	-	89.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1589	-0.744	-0.3846	2.6176	0.2194	2.7124	-0.0025	0.0344	-0.2878	0.2288	-0.013	0.3933	0.0559	-0.4892	0.0155	0.1333	0.0023	0.0122	0.1376	0.0107	0.1635	-15.8826	15.8713	-14.9695
2	3.3712	-2.2936	-0.888	3.0927	1.5239	3.5991	-0.0121	0.0206	0.3468	0.1535	-0.017	0.1257	-0.3517	-0.2194	0.0291	0.1824	0.0364	0.0176	0.1314	0.0052	0.2201	-15.3477	24.9558	-14.752
3	5.687	-1.1358	-0.7075	1.4552	-0.0221	2.1585	-0.0651	0.092	-0.1874	0.1385	0.0084	0.2899	-0.0075	-0.302	0.0567	0.0807	-0.0014	-0.0004	0.068	-0.0022	0.1004	-11.419	15.0714	-15.6013
4	1.9767	-0.7041	0.2729	2.3165	-0.6417	1.7004	-0.0397	0.0547	0.0519	-0.0332	-0.1533	-0.1831	-0.139	0.1852	0.193	0.0821	-0.0181	-0.0372	0.0715	0.0471	0.0605	11.7951	12.4225	-5.4848
5	2.5987	1.7445	-1.2905	5.2005	-2.7775	4.129	-0.0212	0.1079	-0.0512	-0.0092	-0.0661	-0.1539	-0.1605	0.3854	0.0873	0.0719	-0.0179	-0.0395	0.1256	0.0127	0.0464	11.052	13.1252	-12.8565
6	5.3462	-0.5959	0.1902	1.4723	-0.4767	3.2325	-0.0977	-0.0839	-0.1287	0.0491	-0.0209	-0.0183	-0.0007	0.1404	0.1186	0.0957	-0.007	-0.02	0.0562	0.0334	0.0859	4.6742	12.0697	-12.1328
7	7.0732	1.5771	-4.2118	26.9697	-1.7464	22.9363	0.1598	0.0128	-0.2791	-0.2702	0.1779	-1.0661	0.7119	0.0277	-0.3377	0.1957	0.0352	0.0583	0.1319	0.0419	0.2138	42.5493	24.3628	6.3324
8	6.3349	-0.3753	-0.1595	2.6556	-0.0002	3.7702	-0.2172	0.2004	-0.1154	-0.1375	0.195	-0.1767	0.6821	0.1042	0.0222	0.3086	-0.0429	-0.0944	0.0954	0.0401	0.1882	36.1065	15.8218	14.687
9	1.9734	0.7592	-2.2747	3.3021	-0.6893	4.6846	0.0096	0.114	0.0731	-0.2173	0.0918	-0.419	0.2477	-0.0467	-0.1014	0.1934	-0.0061	-0.0668	0.1082	0.0281	0.1815	37.4761	21.2914	12.7247
10	1.3962	0.1811	0.6404	1.7337	1.2685	1.8392	-0.0206	-0.2538	0.1652	0.1735	-0.2432	0.0947	-0.1059	0.0235	0.2638	0.1251	-0.0936	-0.0545	0.185	0.014	0.0671	9.4596	13.7551	7.2156
11	2.7838	2.3472	0.0361	4.7663	0.0684	2.8664	-0.0176	-0.2288	0.2891	0.3073	-0.1647	0.5351	-0.1272	-0.0303	0.1823	0.1512	-0.0432	-0.0541	0.1778	0.0374	0.1582	10.6846	13.5123	10.524
12	4.5855	-0.4084	0.9662	1.9933	0.8986	0.7133	0.0303	0.1571	0.2245	-0.0341	-0.1231	-0.0631	-0.0425	0.0116	0.0929	0.2295	-0.0692	-0.081	0.246	0.0897	0.2433	20.0174	16.1121	7.8959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	54 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	83 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	108 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	129 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 6
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	7 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	33 - 77
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	78 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	104 - 133
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	134 - 152

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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