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- PDB-3tj0: Crystal Structure of Influenza B Virus Nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tj0
タイトルCrystal Structure of Influenza B Virus Nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-binding / Homo-oligomerization / Transcription regulation / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.233 Å
データ登録者Ng, A.K.L. / Zhang, H. / Liu, J. / Au, S.W.N. / Wang, J. / Shaw, P.C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for RNA binding and homo-oligomer formation by influenza B virus nucleoprotein
著者: Ng, A.K.L. / Lam, M.K.H. / Zhang, H. / Liu, J. / Au, S.W.N. / Chan, P.K.S. / Wang, J. / Shaw, P.C.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7642
ポリマ－123,7642
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,5294
ポリマ－247,5294
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area1540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area46420 Å2
2
B: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,5294
ポリマ－247,5294
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)106.951, 123.342, 198.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein


分子量: 61882.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Managua/4577.01/2008 / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LQ26
配列の詳細THIS SEQUENCE IS THE NATURAL POLYMORPHISM OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4M sodium-potassium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 21367 / Num. obs: 19883 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.23→3.35 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1998 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q06

2q06


解像度: 3.233→47.055 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2914 1023 5.15 %Random
Rwork0.245 ---
obs0.2474 19862 92.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.073 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.303 Å20 Å2-0 Å2
2--54.1203 Å20 Å2
3----34.8173 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.233→47.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7022 0 0 0 7022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7299563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9432724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2326-3.4030.40131540.3393266594
3.403-3.61610.35421530.3012268494
3.6161-3.89520.31691580.25270194
3.8952-4.28690.27091470.2123268994
4.2869-4.90670.2751310.1954268793
4.9067-6.17970.29121420.2531267092
6.1797-47.05970.23541380.2353274390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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