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- PDB-3tix: Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tix
タイトルCrystal structure of the Chp1-Tas3 complex core
要素
  • Chromo domain-containing protein 1
  • Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
キーワードGENE REGULATION/PROTEIN BINDING / PIN / Rossmann fold / SPOC / alpha-helical hairpin / heterochromatin / silencing / RITS / RNAi / Argonaute / ClrC / RDRC / Nucleus / GENE REGULATION-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / subtelomeric heterochromatin / heterochromatin island / mating-type region heterochromatin / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors ...RITS complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / subtelomeric heterochromatin / heterochromatin island / mating-type region heterochromatin / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / pericentric heterochromatin formation / condensed chromosome, centromeric region / siRNA binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / heterochromatin formation / protein tag activity / molecular adaptor activity / single-stranded RNA binding / chromatin binding / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ku70; Chain: A; Domain 2 - #20 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 - #30 / Rossmann fold - #11490 / Helix Hairpins - #1690 / : / : / : / : / Chromo domain-containing protein 1-like, PIN domain / Tas3, C-terminal helical domains ...Ku70; Chain: A; Domain 2 - #20 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 - #30 / Rossmann fold - #11490 / Helix Hairpins - #1690 / : / : / : / : / Chromo domain-containing protein 1-like, PIN domain / Tas3, C-terminal helical domains / Tas3-like, N-terminal domain / Chromo domain-containing protein 1-like, SPOC domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / : / Chromo domain, conserved site / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Chromo domain signature. / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Helix Hairpins / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helix non-globular / RNA-binding domain superfamily / Special / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3 / Chromo domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9001 Å
データ登録者Schalch, T. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Chp1-Tas3 core is a multifunctional platform critical for gene silencing by RITS.
著者: Schalch, T. / Job, G. / Shanker, S. / Partridge, J.F. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2011年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年6月7日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
B: Chromo domain-containing protein 1
C: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
D: Chromo domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,79115
ポリマ－151,3904
非ポリマー40111
水46826
1
A: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
B: Chromo domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8767
ポリマ－75,6952
非ポリマー1815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area28830 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
D: Chromo domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9158
ポリマ－75,6952
非ポリマー2206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.880, 172.200, 198.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3 / RITS protein tas3


分子量: 23333.049 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN,N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 204508 / S288c, 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, tas3, SPBC83.03c / プラスミド: pFL, Multibac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q12306, UniProt: O94687
#2: タンパク質 Chromo domain-containing protein 1


分子量: 52361.988 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL HALF / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: chp1, SPAC18G6.02c / プラスミド: pFL, Multibac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q10103
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: microseeding in 0.95 M potassium sodium tartrate, 100 mM MES, 180 mM sodium thiocyanate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH HORIZONTAL FOCUSING SAGITTAL BEND SECOND MONO CRYSTAL WITH 4:1 MAGNIFICATION RATIO AND VERTICALLY FOCUSING MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→89.7 Å / Num. all: 40228 / Num. obs: 40143 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
HKL2Mapモデル構築
SHELXモデル構築
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDS(VERSION February 3データ削減
XDS(VERSION February 3データスケーリング
HKL2Map位相決定
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9001→65.063 Å / SU ML: 0.82
Isotropic thermal model: isotropic grouped main chain and side chain, TLS.
σ(F): 1.59 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: used riding hydrogens
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 1996 4.97 %
Rwork0.2107 --
obs0.2123 40128 99.77 %
all-40228 -
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.61 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1384 Å20 Å2-0 Å2
2--15.2281 Å2-0 Å2
3----8.0897 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9001→65.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9272 0 11 26 9309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52612793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1493554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-2.97260.37451380.30792712X-RAY DIFFRACTION100
2.9726-3.0530.33221480.29592676X-RAY DIFFRACTION100
3.053-3.14280.32381460.28172708X-RAY DIFFRACTION100
3.1428-3.24420.3111470.25882677X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.36020.27971370.24522711X-RAY DIFFRACTION100
3.3602-3.49470.28141330.23712699X-RAY DIFFRACTION100
3.4947-3.65380.26741430.21972697X-RAY DIFFRACTION100
3.6538-3.84640.24581410.20262705X-RAY DIFFRACTION100
3.8464-4.08730.20221470.18932713X-RAY DIFFRACTION100
4.0873-4.40280.20721350.16792739X-RAY DIFFRACTION100
4.4028-4.84580.20721500.16022725X-RAY DIFFRACTION100
4.8458-5.54670.23921430.192747X-RAY DIFFRACTION100
5.5467-6.98690.25741370.23462769X-RAY DIFFRACTION100
6.9869-65.07940.20221510.20122854X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.54970.5283-1.96883.028-1.0754.71770.2650.5099-0.25120.0243-0.21120.1012-0.2495-0.01890.02420.4807-0.04230.05080.71390.05120.6627-27.5729-26.179356.0326
21.39810.5742-0.65722.5843-0.71032.72740.15060.01030.35650.3390.46111.0346-0.3145-0.46820.00010.96250.10690.16921.41080.50471.3801-39.341-3.778541.7386
32.33620.7635-0.38671.27260.14192.14980.69470.40241.8045-0.2436-0.31470.0273-0.2402-0.0698-01.16350.06750.48170.97620.16161.6026-51.1557-14.07428.5321
44.75520.9018-0.433.2011-2.60124.0540.09010.10430.44070.07850.36090.20360.1692-0.19070.02590.6381-0.0198-0.00110.43860.08750.7659-28.8804-23.9582-5.4617
56.0751.3185-2.16873.18050.48224.3760.00540.16990.18480.22610.22480.5847-0.0407-0.280900.6513-0.03780.07820.51950.12720.7972-43.1973-32.304277.0913
61.2910.381-1.53160.75560.2111.9813-0.45410.004-0.61370.05720.20270.01240.46780.108200.67160.00910.02830.7430.10630.6423-20.7622-32.786357.5372
74.16390.7283-0.18264.1649-0.29564.8034-0.02330.41090.1327-0.17770.12980.2429-0.2961-0.1939-00.5137-0.02280.03570.73740.0790.4007-9.3968-20.644737.3158
81.7646-0.19040.67054.55062.13141.2841-0.48450.3686-0.3527-0.00130.253-0.2430.93571.23670.00060.60570.10320.03311.20460.04410.61440.732-33.058618.8833
90.9401-0.07450.44440.83240.96471.2489-0.37710.12870.0103-0.8270.4044-0.81240.8645-0.6899-00.98630.10280.09551.4362-0.23981.1456-0.267-36.0161-2.402
103.0033-1.2741-0.08363.1208-0.24715.2355-0.00390.83480.17430.2756-0.0108-0.0952-0.01410.892400.627-0.11090.04271.0631-0.06840.5414-3.1604-26.950614.5551
112.50831.03211.46687.2095-3.16514.15260.20740.27980.2202-0.431300.0490.09990.177600.7115-0.04560.06210.74430.13740.8425-22.1282-7.7441-27.6656
121.4113-0.86470.74221.1542-1.65732.52930.29380.5696-0.289-0.1038-0.3124-0.42570.29180.2278-0.00010.6415-0.0913-0.00750.5551-0.07320.7152-22.0801-30.7333-8.9075
135.19820.6302-0.48465.2525-1.30094.56850.0216-0.06640.08940.21940.2640.14780.3684-0.458-0.00010.7148-0.083-0.05040.63720.060.6929-32.5443-43.509111.0467
142.86560.82791.71811.90871.61371.60760.7209-0.4347-0.95530.4044-0.1974-0.39721.56380.26070.07811.29380.0448-0.23580.68610.33711.2379-18.1985-53.958727.6773
150.14320.19210.14030.34420.36180.30180.4532-0.0019-0.93060.2847-0.8268-0.49290.16150.04810.00011.75830.1158-0.42771.47780.28431.6739-14.0366-54.926947.357
163.73030.0381.08561.56620.33222.86640.6092-0.4865-0.62950.3366-0.6453-0.04650.5431-0.28270.00011.2443-0.1411-0.26560.85490.28940.9907-24.0583-51.438332.518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid -4:100
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid -100:-5
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid -100:-5
4X-RAY DIFFRACTION4chain C and resid -4:100
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 500:651
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 652:683
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 684:779
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 799:845
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 846:887
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 888:960
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and resid 500:651
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and resid 652:683
13X-RAY DIFFRACTION13chain D and resid 684:779
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and resid 799:845
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and resid 846:887
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and resid 888:960

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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