PDB-3tip: Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG E-G52 module

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tip

タイトル

Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG E-G52 module

要素

Surface protein G

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / single-layer beta sheet / biofilm formation / surface

機能・相同性

機能・相同性情報

single-species submerged biofilm formation / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7009 Å

データ登録者

Gruszka, D.T. / Wojdyla, J.A. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Staphylococcal biofilm-forming protein has a contiguous rod-like structure.
著者: Gruszka, D.T. / Wojdyla, J.A. / Bingham, R.J. / Turkenburg, J.P. / Manfield, I.W. / Steward, A. / Leech, A.P. / Geoghegan, J.A. / Foster, T.J. / Clarke, J. / Potts, J.R.

履歴

登録	2011年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tip.cif.gz	69.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tip.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tip_validation.pdf.gz	413.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tip_full_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示
XML形式データ	3tip_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	3tip_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tiqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dbl-d 5tu9-1 5tu8-2 5tu9-2 3v5b-d 3v4w-d 3v4q-d 5tu7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Surface protein G

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.813, 34.721, 55.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Surface protein G 分子量: 14493.204 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 498-629 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02798, sasG / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q2G2B2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 498-501 IN THIS ENTRY ARE CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2M ammonium chloride, 20% PEG3350, pH 7.4, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9794, 0.9763, 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9763	1
3	0.9797	1

反射

解像度: 1.7009→55.05 Å / Num. all: 15482 / Num. obs: 15482 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7009-1.79	4	0.679	1.1	8900	2213	0.679	98.5
1.79-1.9	4.1	0.364	2.1	8628	2104	0.364	100
1.9-2.03	4.1	0.185	4.2	8295	2032	0.185	99.9
2.03-2.2	4.1	0.126	6	7621	1864	0.126	100
2.2-2.41	4.1	0.102	7.3	6984	1706	0.102	99.8
2.41-2.69	4.1	0.079	9.4	6459	1574	0.079	99.9
2.69-3.11	4.1	0.047	13.1	5614	1379	0.047	99.9
3.11-3.8	4	0.034	16.1	4646	1163	0.034	99.8
3.8-5.38	4	0.023	27.1	3738	923	0.023	100
5.38-34.721	3.9	0.022	28.7	2045	524	0.022	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
GDA	client	データ収集
XDS		データ削減
MADSYS		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7009→29.368 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2395	1186	7.69 %	RANDOM
R_work	0.1965	-	-	-
obs	0.1999	15431	99.39 %	-
all	-	15482	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.845 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.37 Å² / B_iso mean: 30.6112 Å² / B_iso min: 11.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.3125 Å²	0 Å²	6.0013 Å²
2-	-	12.5207 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.2083 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7009→29.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1018	0	0	215	1233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.556	1426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	193
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.064	430

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7009-1.7783	0.3739	137	0.3097	1735	1872	98
1.7783-1.8721	0.3058	151	0.2474	1762	1913	100
1.8721-1.9893	0.2964	144	0.209	1778	1922	99
1.9893-2.1429	0.2472	136	0.2025	1778	1914	99
2.1429-2.3585	0.291	135	0.2049	1782	1917	100
2.3585-2.6995	0.2592	171	0.2155	1773	1944	100
2.6995-3.4003	0.2694	161	0.1892	1790	1951	100
3.4003-29.3719	0.1598	151	0.166	1847	1998	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1519	0.2502	-1.5782	0.7518	0.4346	2.0345	0.0249	0.1402	-0.1212	0.0625	-0.1632	-0.0585	0.0738	0.0966	0.1194	0.1899	0.0199	-0.0342	0.2038	0.0327	0.1544	5.9911	15.8966	30.2646
2	5.6057	-2.8686	-5.8761	1.8659	3.0649	6.1613	0.217	-0.5049	0.1862	-0.1571	0.141	-0.0533	-0.2818	0.4821	-0.2391	0.2355	-0.0498	0.0206	0.4267	-0.1199	0.2945	12.0742	17.4354	27.1791
3	1.255	-1.2313	0.0108	2.7934	1.9199	3.2803	0.115	0.1956	-0.0328	-0.2662	0.0086	-0.0249	-0.0955	-0.2835	-0.1841	0.2263	0.055	0.0013	0.1821	0.0668	0.2562	19.5116	9.9413	16.2697
4	5.7865	0.8055	-2.9455	1.7485	-0.623	4.9681	0.1765	0.1179	0.264	0.1389	0.23	0.2201	-0.0189	-0.3046	-0.2924	0.1759	-0.0174	0.0057	0.1814	0.0217	0.1818	-4.9969	18.4836	37.7957
5	7.28	1.0861	-6.9744	0.4688	-0.9983	6.6897	-0.7954	1.3224	-0.1911	-0.0378	0.3094	0.1304	0.4471	0.1631	0.3504	0.2778	-0.0369	0.0833	0.8139	-0.022	0.3626	-30.2406	16.1951	52.4695
6	4.8792	-0.2759	-4.1132	0.8764	0.395	3.494	-0.1727	-0.2936	-0.2611	-0.3037	-0.1679	-0.348	0.3362	0.8001	0.3861	0.2738	0.0654	0.0442	0.2501	0.0761	0.2438	-45.4239	15.8318	72.0949
7	2.3683	-1.0983	1.2598	0.5108	-0.5944	1.4247	0.0925	-0.9694	0.4621	-0.0552	-0.2063	-0.1112	0.1683	-0.4009	0.0813	0.2287	0.0106	-0.0008	0.3163	-0.1009	0.2032	-57.2093	22.0812	81.5751
8	4.8084	-0.0974	-2.7165	1.6727	0.3931	4.9192	0.1344	0.3415	0.3083	-0.2941	-0.1076	-0.1181	-0.4894	-0.3093	-0.0411	0.1974	0.0456	-0.0102	0.1472	0.0641	0.1915	-48.7514	21.2341	67.6323
9	4.0748	-0.5537	-2.8902	0.4104	0.0298	2.4311	-0.1343	0.2262	0.3106	0.1493	0.4518	0.2628	0.1658	-0.5658	-0.1065	0.2362	0.0149	0.0877	0.2824	0.0343	0.302	-19.2809	16.2926	49.0188
10	5.7492	0.4506	-3.724	1.1822	-0.0555	5.7636	0.203	-0.1121	0.1554	-0.091	-0.1265	-0.1447	0.0696	-0.0077	-0.0511	0.1476	0.0143	0.0055	0.1402	0.0133	0.1514	-49.1725	18.4133	74.639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:21)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 22:32)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 33:45)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 46:57)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 58:64)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 65:72)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 73:80)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 81:89)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 90:119)	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 120:132)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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