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- PDB-3tif: Dimeric structure of a post-hydrolysis state of the ATP-binding c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tif
タイトルDimeric structure of a post-hydrolysis state of the ATP-binding cassette MJ0796 bound to ADP and Pi
要素Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nucleotide-binding domain / ABC transporter ATPase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ISOPROPYL ALCOHOL / HYDROGENPHOSPHATE ION / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7995 Å
データ登録者Sutton, R.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Kinetics of the association/dissociation cycle of an ATP-binding cassette nucleotide-binding domain.
著者: Zoghbi, M.E. / Fuson, K.L. / Sutton, R.B. / Altenberg, G.A.
履歴
登録2011年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,70811
ポリマ－53,4362
非ポリマー1,2739
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
ヘテロ分子

A: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,41722
ポリマ－106,8714
非ポリマー2,54518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area14040 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area36880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.649, 106.347, 117.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-320-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796


分子量: 26717.824 Da / 分子数: 2 / 変異: I2V, E171Q and G174W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0796 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q58206

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / 水素ホスファ-ト


分子量: 95.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG4000, 10% isopropanol, 0.1M HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL7-110.9796
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年6月10日
Rigaku ScreenMachine2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
21.54181
反射解像度: 1.799→33.4 Å / Num. all: 46824 / Num. obs: 46824 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.799-1.915.377450.581,2100
1.91-2.065.477180.271,299.9
2.06-2.275.477660.1421,2100
2.27-2.65.378210.0821,299.9
2.6-3.275.378250.041,299.8
3.27-505.277370.0241,295.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L2T

1l2t


解像度: 1.7995→33.389 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 3651 7.8 %random
Rwork0.2029 ---
obs0.2054 46819 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.31 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.777 Å20 Å2-0 Å2
2--0.3567 Å2-0 Å2
3----5.1337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7995→33.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 78 211 3962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1145137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2971483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7995-1.82310.30661340.27571548X-RAY DIFFRACTION95
1.8231-1.84810.31841820.27331597X-RAY DIFFRACTION100
1.8481-1.87450.34521340.26481637X-RAY DIFFRACTION100
1.8745-1.90250.2781370.27781668X-RAY DIFFRACTION100
1.9025-1.93220.3361330.2711633X-RAY DIFFRACTION100
1.9322-1.96390.34041530.25941659X-RAY DIFFRACTION100
1.9639-1.99770.26771340.25181625X-RAY DIFFRACTION100
1.9977-2.03410.28251310.23951672X-RAY DIFFRACTION100
2.0341-2.07320.31430.24491634X-RAY DIFFRACTION100
2.0732-2.11550.3051510.23961638X-RAY DIFFRACTION100
2.1155-2.16150.28281460.22841650X-RAY DIFFRACTION100
2.1615-2.21180.26581320.2181665X-RAY DIFFRACTION100
2.2118-2.26710.28211350.22531661X-RAY DIFFRACTION100
2.2671-2.32830.24611370.22061658X-RAY DIFFRACTION100
2.3283-2.39680.3091380.21861668X-RAY DIFFRACTION100
2.3968-2.47420.26681360.22551661X-RAY DIFFRACTION100
2.4742-2.56260.30711360.23641659X-RAY DIFFRACTION100
2.5626-2.66510.30021390.24621668X-RAY DIFFRACTION100
2.6651-2.78640.25961370.23991671X-RAY DIFFRACTION100
2.7864-2.93320.24411360.22531662X-RAY DIFFRACTION99
2.9332-3.11680.28911380.22141666X-RAY DIFFRACTION100
3.1168-3.35730.22741400.21221687X-RAY DIFFRACTION100
3.3573-3.69480.2421380.19281686X-RAY DIFFRACTION100
3.6948-4.22850.20711410.1671693X-RAY DIFFRACTION100
4.2285-5.3240.18441420.16111719X-RAY DIFFRACTION100
5.324-33.39420.17451480.18451783X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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