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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3thq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-amino-UMP | ||||||
![]() | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / Methanothermobacter thermautotrophicus / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / 6-amino-UMP / decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y. / Kotra, L.P. / Pai, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-amino-UMP 著者: Liu, Y. / Kotra, L.P. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dv7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26795.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: DeltaH / 遺伝子: 1470090, MTH_129, pyrF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EPE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Trisodium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 63069 / Num. obs: 60551 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique all: 5029 / % possible all: 76.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DV7 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.208 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
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