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- PDB-3thp: Crystal structure and RNA binding properties of the RRM/AlkB doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thp
タイトルCrystal structure and RNA binding properties of the RRM/AlkB domains in human ABH8, an enzyme catalyzing tRNA hypermodification, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5601B
要素Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / alpha-beta two domain-protein containing a zinc structure motif / tRNA modifying enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (carboxymethyluridine34-5-O)-methyltransferase / tRNA (5-carboxymethyluridine(34)-5-O)-methyltransferase activity / tRNA (uridine) methyltransferase activity / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / tRNA binding / iron ion binding ...tRNA (carboxymethyluridine34-5-O)-methyltransferase / tRNA (5-carboxymethyluridine(34)-5-O)-methyltransferase activity / tRNA (uridine) methyltransferase activity / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / tRNA binding / iron ion binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1520 / Alkylated DNA repair protein AlkB, homologue 8, N-terminal / ALKBH8, RNA recognition motif / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8, N-terminal / : / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase ...Jelly Rolls - #1520 / Alkylated DNA repair protein AlkB, homologue 8, N-terminal / ALKBH8, RNA recognition motif / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8, N-terminal / : / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Jelly Rolls / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pastore, C. / Topalidou, I. / Forouhar, F. / Yan, A.C. / Levy, M. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure and RNA binding properties of the RNA recognition motif (RRM) and AlkB domains in human AlkB homolog 8 (ABH8), an enzyme catalyzing tRNA hypermodification.
著者: Pastore, C. / Topalidou, I. / Forouhar, F. / Yan, A.C. / Levy, M. / Hunt, J.F.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9544
ポリマ－39,6881
非ポリマー2663
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,81816
ポリマ－158,7524
非ポリマー1,06612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area57380 Å2
手法PISA
3
A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子

A: Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9098
ポリマ－79,3762
非ポリマー5336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area30710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.276, 81.675, 144.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The light scattering data of this construct without C-tag shows mainly monomeric protein in the solution, while the same construct with C-tag appears to have population of monomer and tetrameric species. Consistent with the latter observation, the crystal structure reveals that a few residues of the C-tag play an important role in protein tetramerization, which is possibly not a physiological phenomenon

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要素

#1: タンパク質 Alkylated DNA repair protein alkB homolog 8 / Probable alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH8


分子量: 39687.945 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM and AlkB domains of ABH8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABH8, ALKBH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(lambda)(DE3)
参照: UniProt: Q96BT7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q96BT7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7
詳細: 30% PEG 3350 and 0.15 M D/L malic acid, 2.8 mM MnCl2, and 8.6 mM 2-oxyglutarate., pH 7, microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 12782 / Num. obs: 12770 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1293 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2 & Xtalview精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CQ2 for RRM domain, PDB entry 2FDI for AlkB domain.

2cq2

2fdi


解像度: 3.2→35.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 296587.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1210 9.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.22 12782 --
obs0.217 12202 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.031 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.99 Å20 Å20 Å2
2--24.43 Å20 Å2
3----11.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→35.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2413 0 12 0 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 88 8.5 %
Rwork0.307 950 -
obs-950 79.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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