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- PDB-3tgv: Crystal structure of HutZ,the heme storsge protein from Vibrio ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tgv
タイトルCrystal structure of HutZ,the heme storsge protein from Vibrio cholerae
要素Heme-binding protein HutZ
キーワードHEME BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heme utilization protein HutZ / : / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Heme-binding protein HutZ / Heme-binding protein HutZ
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Liu, X. / Gong, J. / Wang, Z. / Du, Q. / Wei, T. / Zhu, D. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of HutZ,the heme storsge protein from Vibrio cholerae
著者: Liu, X. / Gong, J. / Wang, Z. / Du, Q. / Wei, T. / Zhu, D. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.
履歴
登録2011年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme-binding protein HutZ
B: Heme-binding protein HutZ
C: Heme-binding protein HutZ
D: Heme-binding protein HutZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7718
ポリマ－69,2834
非ポリマー4884
水4,882271
1
A: Heme-binding protein HutZ
B: Heme-binding protein HutZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8864
ポリマ－34,6412
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
2
C: Heme-binding protein HutZ
D: Heme-binding protein HutZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8864
ポリマ－34,6412
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.063, 80.063, 125.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Heme-binding protein HutZ


分子量: 17320.729 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-150 / 変異: H142Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: hutZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5F0R4, UniProt: A0A0H3AGE3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M Na/K phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. all: 51132 / Num. obs: 51132 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3925 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VL7

1vl7


解像度: 1.999→35.805 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 1824 3.91 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
all0.1987 46592 --
obs0.1987 46592 87.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.416 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 82.32 Å2 / Biso mean: 34.4221 Å2 / Biso min: 14.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6586 Å20 Å2-0 Å2
2--7.6586 Å20 Å2
3----15.3171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→35.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4628 0 36 271 4935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.076388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1731828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9989-2.05290.2303920.22092333242559
2.0529-2.11330.26041100.2292694280468
2.1133-2.18150.29011170.23212956307375
2.1815-2.25950.24661340.21563329346384
2.2595-2.34990.28471330.20313402353586
2.3499-2.45680.2041410.19973500364189
2.4568-2.58630.2791450.21413550369590
2.5863-2.74830.29051470.22833613376091
2.7483-2.96040.24381620.22133763392596
2.9604-3.25820.2231590.20713834399397
3.2582-3.72920.23781600.18583884404498
3.7292-4.69670.21621640.16163936410099
4.6967-35.8110.20611600.19373974413499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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