PDB-3tgq: Crystal structure of unliganded HIV-1 clade B strain YU2 gp120 core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tgq

タイトル

Crystal structure of unliganded HIV-1 clade B strain YU2 gp120 core

要素

HIV-1 YU2 gp120

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / unliganded structure

機能・相同性

機能・相同性情報

Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unliganded HIV-1 gp120 core structures assume the CD4-bound conformation with regulation by quaternary interactions and variable loops.
著者: Kwon, Y.D. / Finzi, A. / Wu, X. / Dogo-Isonagie, C. / Lee, L.K. / Moore, L.R. / Schmidt, S.D. / Stuckey, J. / Yang, Y. / Zhou, T. / Zhu, J. / Vicic, D.A. / Debnath, A.K. / Shapiro, L. / ...

履歴

登録	2011年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3tgq.ent.gz	462.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tgq_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tgq_full_validation.pdf.gz	513.6 KB	表示
XML形式データ	3tgq_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	3tgq_validation.cif.gz	68.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tgrC 3tgsC 3tgtC 3tihC 1rzkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ut1-d 4i54-2 4i53-1 5hiw-d 5u6e-2 4rz8-2 4lht-2 4rz8-3 4dvs-1 4rz8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 YU2 gp120

B: HIV-1 YU2 gp120

C: HIV-1 YU2 gp120

D: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
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1

A: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
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5

A: HIV-1 YU2 gp120

C: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.8 kDa, 2 ポリマー
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6

B: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

D: HIV-1 YU2 gp120

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
80.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	222.970, 222.970, 86.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.559904, 0.828557, -0.000924), (0.828556, 0.559905, 0.00139), (0.001669, 1.22081)	-6.97194, 3.74154, -32.881599
2	given	(-0.529279, 0.711968, 0.461481), (0.833956, 0.536654, 0.128531), (-0.156146, 0.452884, -0.87779)	-3.34074, -8.31719, 46.524101
3	given	(-0.888599, 0.022864, -0.458114), (0.039838, -0.991136, -0.12674), (-0.456951, -0.130871, 0.879812)	-85.412498, -198.669006, -35.793999

#1: タンパク質

HIV-1 YU2 gp120

分子量: 39223.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35961*PLUS

#2: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 3350, 0.1M CaCl2, 0.1M Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.29

反射

解像度: 2.77→48.27 Å / Num. all: 63180 / Num. obs: 39993 / % possible obs: 63.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.13 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.85	1.9	0.456	1.2	0.61	1	12
2.85-2.96	2	0.364	1.4	0.417	1	18.3
2.96-3.1	2.5	0.401	1.9	0.471	1	26
3.1-3.26	3	0.331	2.8	0.414	1	38.8
3.26-3.46	3.3	0.282	3.8	0.288	1	59.1
3.46-3.73	3.6	0.233	5.3	0.243	1	81.4
3.73-4.11	4.4	0.228	7.2	0.223	1	95.9
4.11-4.7	5.7	0.194	13.3	0.183	1	99.9
4.7-5.92	6.3	0.173	17.2	0.165	1	100
5.92-50	7	0.08	47.5	0.074	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1rzk

1rzk

解像度: 3.4→48.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0 / 位相誤差: 41.51 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	1520	4.77 %
R_work	0.2796	-	-
obs	0.2805	31870	93.64 %
all	-	62593	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 4.874 Å² / k_sol: 0.23 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.8341 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-17.8341 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-17.8485 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10548	0	350	93	10991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.916	15141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.585	4152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1736
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1929

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4004-3.5098	0.3804	93	0.3313	2028	X-RAY DIFFRACTION	66
3.5098-3.6349	0.3387	83	0.3219	2344	X-RAY DIFFRACTION	76
3.6349-3.78	0.333	132	0.2975	2554	X-RAY DIFFRACTION	84
3.78-3.9515	0.3227	144	0.2858	2761	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9515-4.159	0.3276	164	0.2748	2866	X-RAY DIFFRACTION	94
4.159-4.4183	0.2515	133	0.2486	2933	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4183-4.7574	0.2491	158	0.2427	2926	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7574-5.2325	0.2948	178	0.2509	2899	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2325-5.9812	0.3013	135	0.281	2958	X-RAY DIFFRACTION	96
5.9812-7.504	0.3912	128	0.3062	2984	X-RAY DIFFRACTION	96
7.504-25.5771	0.3204	172	0.2747	3014	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0057	0.0019	0.0117	0.0004	0.0089	0.0048	0.0048	-0.0141	0.0113	0.0512	0.0032	0.0856	-0.0813	0.0953	-0	0.0883	0.6862	0.1637	0.487	-0.2725	0.1354	-67.6672	-78.3789	-9.824
2	0.0024	0.0059	0.0184	-0.0015	-0.0016	-0.0033	0.0017	0.1467	0.0076	0.0073	-0.0414	0.0186	-0.0383	-0.1159	-0	0.4098	-0.1408	0.0538	0.5491	0.0731	0.4747	-75.1567	-62.55	-2.2859
3	-0.0076	-0.0208	-0.0029	-0.0049	0.0042	0.0024	-0.0485	-0.133	0.0108	0.01	-0.0548	0.0511	-0.0408	0.0658	-0	0.5242	0.2585	0.0645	-0.0362	0.0927	0.0806	-57.7116	-85.544	1.555
4	-0.0025	0.0003	0.0423	0.0047	0.0445	-0.02	0.1829	0.04	0.0048	0.1374	0.1828	-0.037	-0.3664	0.0182	-0	-0.1914	0.8752	-0.3436	0.1475	0.1501	0.3734	-65.5188	-68.8037	-4
5	0.0022	-0.0026	-0.0052	0.0008	0.0114	-0.001	0.0129	0.0412	0.0243	-0.0445	0.018	-0.0026	-0.0112	-0.0044	0	0.5276	0.1408	-0.0786	-0.0107	0.1088	0.2541	-57.3299	-59.3497	4.5879
6	0.0168	0.0231	0.0084	0.0083	0.0091	-0.0401	-0.0494	0.0813	-0.0159	0.1154	-0.0956	-0.0618	-0.4175	0.3267	0	-0.1541	-0.4023	0.0207	0.4312	-0.1355	0.2053	-40.6056	-63.6509	-3.8272
7	-0.0099	-0.022	0.0103	0.0151	-0.0513	0.0657	-0.3005	0.0382	0.0836	0.1109	-0.0842	0.0316	-0.2827	-0.148	0	0.4576	-0.2298	-0.026	0.1674	0.3194	0.1956	-43.9595	-69.5202	4.0215
8	0.0123	-0.0155	0.0158	0.0142	-0.0091	0.0051	-0.0859	-0.0008	-0.0151	0.1332	-0.2593	-0.0347	-0.0858	0.1224	0	0.6472	0.5734	-0.0758	0.2103	-0.1702	0.1219	-57.6999	-65.4061	4.7178
9	-0.002	-0.0038	-0.0054	0.0048	-0.0057	-0.0009	-0.0367	-0.0189	-0.0205	-0.0111	0.0481	-0.0737	-0.0572	-0.0303	0	0.1245	0.4116	0.2581	0.6128	0.0985	0.3072	-34.0096	-96.2693	-23.1202
10	0.0063	-0.0089	-0.0085	-0.0004	0	0.0047	-0.0254	0.0214	-0.008	-0.013	-0.0013	-0.0362	0.0043	-0.026	0	0.7823	0.1302	-0.0727	1.0801	-0.0648	0.783	-16.6876	-93.602	-30.6246
11	0.005	0.0471	-0.0077	-0.1102	0.0417	0.0871	-0.3265	-0.0564	0.0882	-0.1741	0.0192	-0.426	0.0419	0.4026	-0	-1.2045	-0.4278	0.4117	0.8974	-0.0468	-0.5733	-31.0516	-86.4734	-32.7888
12	0.0008	0.0016	0.0088	-0.0006	-0.0079	0.0107	0.0277	0.0536	0.0288	-0.0323	-0.0358	0.0235	-0.039	0.0383	0	0.542	-0.1366	-0.2216	0.4558	0.0007	0.4286	-36.9632	-65.6071	-29.1188
13	0.0006	0.0023	-0.0047	-0.0033	-0.0094	-0.0043	-0.0389	-0.0094	-0.0044	-0.0668	-0.0219	-0.0289	-0.0825	-0.0049	0	0.5501	-0.5814	0.2493	0.6591	0.2238	0.4877	-25.5608	-67.5377	-46.7626
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35	-0.0248	0.0047	0.0369	0.0101	-0.007	-0.004	-0.069	-0.1334	-0.0073	0.0522	-0.1151	0.0484	0.1494	0.0392	-0	0.4489	0.1943	-0.2152	0.1447	0.0226	0.5594	-37.822	-136.7493	6.0521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 45:76)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 77:99)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 100:202)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 203:258)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 259:291)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 292:348)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 349:442)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 443:492)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 45:76)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 77:99)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 100:291)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 292:348)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 349:368)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 369:385)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 386:442)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 443:456)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 457:492)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 45:76)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 77:99)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 100:202)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 203:235)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 236:258)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 259:291)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 292:348)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resseq 349:368)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resseq 369:442)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resseq 443:492)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 45:76)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 77:99)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 100:258)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 259:348)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 349:368)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 369:425)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 426:442)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 443:492)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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