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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tgo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the E. coli BamCD complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / lipoprotein complex (リポタンパク質) / TPR repeat / helix-grip fold / Outer membrane protein assembly / outer membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 細胞膜 / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Paetzel, M. / Kim, K.H. / Aulakh, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Crystal structure of the beta-barrel assembly machinery BamCD protein complex 著者: Kim, K.H. / Aulakh, S. / Paetzel, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tgo.cif.gz | 176.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tgo.ent.gz | 136.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tgo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 26127.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2595, JW2577, yfiO / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC02 #2: タンパク質 | 分子量: 34711.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2477, dapX, JW2462, nlpB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A903 |
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-非ポリマー , 6種, 132分子
#3: 化合物 | ChemComp-K / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 9.2 詳細: 0.2 M K2HPO4 and 20% PEG3350, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日 詳細: MERIDIONALLY-BENT FUSED SILICA MIRROR WITH PALLADIUM AND UNCOATED STRIPES VERTICALLY- FOCUSING AT 6.6:1 DEMAGNIFICATION |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE SILICON(111) CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→97.5 Å / Num. obs: 30529 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YH6 AND 2YHC 解像度: 2.9→97.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 12.099 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.758 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→97.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
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