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- PDB-3tg1: Crystal structure of p38alpha in complex with a MAPK docking partner -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tg1
タイトルCrystal structure of p38alpha in complex with a MAPK docking partner
要素
  • Dual specificity protein phosphatase 10
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE/HYDROLASE / Kinase/Rhodanese-like domain / docking interaction / TRANSFERASE-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / p38MAPK events ...negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / Signaling by MAPK mutants / Myogenesis / RAF-independent MAPK1/3 activation / JUN kinase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / dephosphorylation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / regulation of synaptic membrane adhesion / positive regulation of regulatory T cell differentiation / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein-serine/threonine phosphatase / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / protein serine/threonine phosphatase activity / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / phosphatase activity / response to muramyl dipeptide / oligodendrocyte differentiation / JUN kinase activity / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / protein-tyrosine-phosphatase / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / cell morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / negative regulation of epithelial cell proliferation / Negative regulation of MAPK pathway / osteoblast differentiation / peptidyl-serine phosphorylation / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 14 / Dual specificity protein phosphatase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Zhang, Y.Y. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2011
タイトル: A Distinct Interaction Mode Revealed by the Crystal Structure of the Kinase p38alpha with the MAPK Binding Domain of the Phosphatase MKP5.
著者: Zhang, Y.Y. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
履歴
登録2011年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Dual specificity protein phosphatase 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5842
ポリマ－61,5842
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.428, 72.428, 226.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 43509.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5


分子量: 18074.928 Da / 分子数: 1 / Fragment: KBD (UNP RESIDUES 139-288) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris pH7.5, 9% [w/v] polyethylene glycol 3350, 8% [w/v] sucrose, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→36.214 Å / Num. obs: 17026 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 71.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 1565 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P38, 2OUC

1p38
PDB 未公開エントリ

2ouc


解像度: 2.71→36.214 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2595 854 5.04 %Random
Rwork0.2162 ---
all0.311 17026 --
obs0.2183 16942 98.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.609 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 88.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.7137 Å20 Å2-0 Å2
2--11.7137 Å20 Å2
3----19.7893 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→36.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 0 15 3758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2545171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1581430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006666
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7102-2.87990.31991330.2896252495
2.8799-3.10220.35071450.25532646100
3.1022-3.41420.30331350.24632683100
3.4142-3.90770.26591570.20542665100
3.9077-4.92130.21241500.17342735100
4.9213-36.21720.23971340.2139283597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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