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万見
- PDB-3tfx: Crystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase from La... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tfx
タイトルCrystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Lactobacillus acidophilus
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / PSI-Biology / NYSGRC / 000529 / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / TIM barrel fold / Pyrimidine metabolism / UMP biosynthesis via de novo pathway / UMP from orotate / Decarboxylase Lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Satyanarayana, L. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Satyanarayana, L. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Lactobacillus acidophilus
著者: Satyanarayana, L. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7362
ポリマ－57,7362
非ポリマー00
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.396, 68.170, 63.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A2 - 240
2114B2 - 240

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase


分子量: 28867.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Top 10 cells (Invitrogen)
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
遺伝子: LBA1386, pyrF, pyrF/LBA1386 / Plasmid details: T7 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon + RIL
参照: UniProt: Q5FJB3, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v 1,6-Hexanediol, 0.2M MgCl2 and 20% w/v Polyethylene glycol 3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 27429 / Num. obs: 27429 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Num. unique all: 2716 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELX& Arp/Warpモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX& Arp/Warp位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 5.45 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25186 1360 5 %RANDOM
Rwork0.20487 ---
obs0.20726 26005 98.43 %-
all-26005 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å2-0.54 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 0 283 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9854762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.07725.639133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.50915640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3161510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6041.52261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17523642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20731260
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.474.51120
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1699 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.510.5
medium thermal1.242
LS精密化 シェル解像度: 2.192→2.248 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 88 -
Rwork0.205 1694 -
obs--87.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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