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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tfw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative O-methyltransferase from Klebsiella pneumoniae | ||||||
![]() | Putative O-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PSI-Biology / NYSGRC / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satyanarayana, L. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a putative O-methyltransferase from Klebsiella pneumoniae 著者: Satyanarayana, L. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28095.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Top 10 cells (Invitrogen) 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_14560, KPN_01485 / Plasmid details: T7 promoter / プラスミド: pET3A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.2% w/v n-Octyl-b-D-glucoside, 0.2M Ammonium Sulphate and 30% w/v Polyethylene glycol 8,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 38046 / Num. obs: 38046 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique all: 3587 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.773 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→1.928 Å / Total num. of bins used: 20
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