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Yorodumi- PDB-3pu9: Crystal structure of serine/threonine phosphatase Sphaerobacter t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pu9 | ||||||
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Title | Crystal structure of serine/threonine phosphatase Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 | ||||||
Components | Protein serine/threonine phosphatase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PSI-biology / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / PP2C-like superfamily | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphaerobacter thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of serine/threonine phosphatase Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 Authors: Nocek, B. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pu9.cif.gz | 200.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pu9.ent.gz | 171.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pu9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3pu9_validation.pdf.gz | 453.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3pu9_full_validation.pdf.gz | 462.6 KB | Display | |
Data in XML | 3pu9_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3pu9_validation.cif.gz | 34.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/3pu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/3pu9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25608.252 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphaerobacter thermophilus (bacteria) / Strain: DSM 20745 / Gene: Sthe_0969 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21DE3 / References: UniProt: D1C2D8 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 30% pag 400, 0.1 Ches, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 23, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→40 Å / Num. all: 59002 / Num. obs: 58016 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 26 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.55→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.861 / SU ML: 0.067 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.092 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.95 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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