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万見
- PDB-3te3: Coiled-coil oligomerization domain of the polycystin transient re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3te3
タイトルCoiled-coil oligomerization domain of the polycystin transient receptor potential channel PKD2L1
要素Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
キーワードMETAL TRANSPORT / trimeric coiled-coil / oligomerization domain / C-terminal cytoplasmic regulatory domain
機能・相同性
機能・相同性情報


sour taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / sensory perception of sour taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / calcium-activated cation channel activity ...sour taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / sensory perception of sour taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / calcium-activated cation channel activity / sodium channel activity / non-motile cilium / inorganic cation transmembrane transport / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / monoatomic cation transport / alpha-actinin binding / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / cytoskeletal protein binding / calcium channel activity / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / receptor complex / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / Polycystin domain / Polycystin domain / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / Voltage-dependent channel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycystin-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.694 Å
データ登録者Yernool, D.A. / Molland, K.M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and characterization of coiled-coil domain of the transient receptor potential channel PKD2L1.
著者: Molland, K.L. / Paul, L.N. / Yernool, D.A.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
B: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
C: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
D: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
E: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
F: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9866
ポリマ－25,9866
非ポリマー00
水1448
1
A: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
B: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
C: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9933
ポリマ－12,9933
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
2
D: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
E: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
F: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9933
ポリマ－12,9933
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.634, 74.634, 185.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Polycystic kidney disease 2-like 1 protein / Polycystin-2 homolog / Polycystin-2L1 / Polycystin-L / Polycystin-L1


分子量: 4331.021 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 699-737 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKD2L1, PKD2L, PKDL / プラスミド: pEV-L8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLysS / 参照: UniProt: Q9P0L9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE REGION CRYSTALLIZED IS ONLY PART OF ORIGINAL PROTEIN TARGET DUE TO IN-DROP ...AUTHOR STATES THAT THE REGION CRYSTALLIZED IS ONLY PART OF ORIGINAL PROTEIN TARGET DUE TO IN-DROP PROTEOLYSIS. THEY HAVE ATTEMPTED TO CRYSTALLIZE THE ENTIRE 137 AA PROTEIN, HOWEVER, MASS SPECTROSCOPIC ANALYSIS OF THE CRYSTALS REVEALED THAT THERE HAD BEEN SOME PROTEOLYSIS DURING THE CRYSTALLIZATION PROCESS, AND THE CRYSTAL ONLY HAD A MASS OF 4338 DA. THIS MASS CORRESPONDS TO THE COILED-COIL DOMAIN OF THE FULL LENGTH PROTEIN. SERRES RECORD IN THE PDB FILE REPRESETS UNP RESIDUES 699-737.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→30 Å / Num. all: 8840 / Num. obs: 8840 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 57.17 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.694 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345mosic 300データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.694→29.091 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2898 417 4.72 %
Rwork0.2534 --
obs0.255 8840 97.42 %
all-8840 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.886 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8546 Å20 Å2-0 Å2
2--5.8546 Å2-0 Å2
3----11.7092 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.694→29.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 0 0 8 1565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1212115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.113539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.694-3.08330.30461520.26262605X-RAY DIFFRACTION94
3.0833-3.88310.30571220.22252799X-RAY DIFFRACTION98
3.8831-29.09280.27811430.26553019X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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