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- PDB-3te2: Crystal structure of HSC K16S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3te2
タイトルCrystal structure of HSC K16S
要素formate/nitrite transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


formate transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formate and nitrite transporters signature 1. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate/nitrite transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Czyzewski, B.K. / Wang, D.-N.
引用ジャーナル: Nature / : 2012
タイトル: Identification and characterization of a bacterial hydrosulphide ion channel.
著者: Czyzewski, B.K. / Wang, D.N.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: formate/nitrite transporter
B: formate/nitrite transporter
C: formate/nitrite transporter
D: formate/nitrite transporter
E: formate/nitrite transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,14417
ポリマ-141,1275
非ポリマー3,01812
6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21890 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area40340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.689, 118.704, 150.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
formate/nitrite transporter


分子量: 28225.340 Da / 分子数: 5 / 変異: K16S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
: 630
遺伝子: CD630_22300, Putative formate/nitrite transporter
プラスミド: pBad / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186B7
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / : C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 / 詳細: PEG 400, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 79396 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.345.90.804199.9
2.34-2.3870.7261100
2.38-2.437.30.621100
2.43-2.487.30.5831100
2.48-2.537.30.5251100
2.53-2.597.30.4571100
2.59-2.667.30.4141100
2.66-2.737.30.3591100
2.73-2.817.30.3081100
2.81-2.97.30.2741100
2.9-37.30.2331100
3-3.127.30.2021100
3.12-3.267.30.1681100
3.26-3.447.30.1361100
3.44-3.657.20.1131100
3.65-3.9370.0941100
3.93-4.336.80.078199.9
4.33-4.956.80.071100
4.95-6.2470.0731100
6.24-506.30.055197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KLY
解像度: 2.3→32.14 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 3976 5.02 %
Rwork0.185 --
obs0.187 79241 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.74 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0207 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6095 Å2-0 Å2
3---6.6302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9543 0 205 335 10083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95913413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8883617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1861695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2975-2.32550.32651270.26072599X-RAY DIFFRACTION98
2.3255-2.35490.3011430.23762649X-RAY DIFFRACTION100
2.3549-2.38590.2671360.21992682X-RAY DIFFRACTION100
2.3859-2.41850.24141410.20052673X-RAY DIFFRACTION100
2.4185-2.45310.28331370.18952666X-RAY DIFFRACTION100
2.4531-2.48970.23611360.20122653X-RAY DIFFRACTION100
2.4897-2.52860.26841540.19752671X-RAY DIFFRACTION100
2.5286-2.570.24731370.17422656X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.61430.22421160.18862684X-RAY DIFFRACTION100
2.6143-2.66180.2481670.18532642X-RAY DIFFRACTION100
2.6618-2.7130.23931240.18562659X-RAY DIFFRACTION100
2.713-2.76840.26491540.19042672X-RAY DIFFRACTION100
2.7684-2.82850.28551400.19052666X-RAY DIFFRACTION100
2.8285-2.89430.24261500.18312682X-RAY DIFFRACTION100
2.8943-2.96660.28131370.19012674X-RAY DIFFRACTION100
2.9666-3.04670.24151420.19392671X-RAY DIFFRACTION100
3.0467-3.13630.21691250.18512691X-RAY DIFFRACTION100
3.1363-3.23750.24741370.18772673X-RAY DIFFRACTION100
3.2375-3.35310.2221450.17792713X-RAY DIFFRACTION100
3.3531-3.48720.2211510.1782680X-RAY DIFFRACTION100
3.4872-3.64570.20721490.17892691X-RAY DIFFRACTION100
3.6457-3.83760.23671440.17442708X-RAY DIFFRACTION100
3.8376-4.07760.17861500.16832701X-RAY DIFFRACTION100
4.0776-4.39170.19051350.15632722X-RAY DIFFRACTION100
4.3917-4.83230.20121600.16772708X-RAY DIFFRACTION100
4.8323-5.52850.21461560.18092748X-RAY DIFFRACTION100
5.5285-6.95370.27831450.20182776X-RAY DIFFRACTION100
6.9537-32.14240.21361380.19542855X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70390.2451-0.05183.75831.2771.42870.02250.1229-0.1387-0.3170.0138-0.52570.28240.19260.08690.5546-0.03590.26290.4131-0.06380.335326.701225.2048-10.081
20.9799-0.0391-0.22721.81270.46811.2363-0.02840.06530.019-0.1446-0.01920.2344-0.0333-0.0550.03540.1459-0.0286-0.00970.2076-0.0430.19979.080318.83986.8597
31.02950.1276-0.49231.1371-0.37431.00720.0710.2721-0.0896-0.5257-0.0385-0.0725-0.22420.12170.03250.4324-0.0736-0.00150.3324-0.09930.134713.425917.7903-8.9135
42.0921-1.45191.30442.3302-1.02592.7102-0.0625-0.1277-0.0875-0.18390.11980.70940.0368-0.59620.07710.1906-0.0571-0.10760.3309-0.06380.4598-6.530316.42726.8444
50.43040.26780.42931.36780.48520.7708-0.01560.2149-0.0522-0.47410.01680.1114-0.09040.0597-0.00720.1929-0.0138-0.04860.2437-0.01710.15649.319926.70191.2563
64.047-0.41211.01520.37-0.34851.1478-0.1325-0.1817-0.1251-0.04860.08130.181-0.0192-0.1626-0.36040.1232-0.022-0.04980.4033-0.08730.5119-9.12919.62492.882
71.57221.10210.00871.40590.05010.5915-0.04120.3441-0.0864-0.20420.1270.204-0.0149-0.01610.25150.381-0.0389-0.26060.2928-0.02990.24131.440522.4243-8.9232
82.6563-0.97730.0654.9062-0.0575.65550.02240.45750.0201-0.56030.2136-0.2911-0.08030.3135-0.19040.6351-0.09840.09470.3771-0.00540.191920.181936.9433-12.7375
91.82050.04481.52771.2347-0.13956.0685-0.13360.1732-0.0824-0.30840.2663-0.15230.25180.25270.01650.2615-0.05890.17160.3029-0.0310.26632.098651.82321.6379
101.35380.4813-0.27641.8562-0.00321.8269-0.02510.09350.1515-0.2066-0.04430.3446-0.116-0.19430.00350.18970.0263-0.05580.2106-0.00790.21159.631941.61476.2244
111.3147-1.0712-0.12270.892-0.00292.10160.10960.0760.1154-0.4190.1311-0.0724-0.2895-0.0686-0.28080.3127-0.01260.07270.25980.01970.266226.545757.86962.6914
122.66561.13940.23761.78450.5030.7387-0.02320.59440.1645-0.56140.12320.2026-0.038-0.109-0.07960.38850.0324-0.12230.2160.07280.194112.051950.9014-4.7294
130.8656-0.8495-0.30341.1055-0.04940.54830.02490.01350.0047-0.21190.03750.56390.0397-0.170.00470.18390.089-0.18040.3301-0.03670.6004-5.229346.75217.3314
140.79710.14990.20151.45310.10970.430.0250.10080.1467-0.3148-0.0510.0617-0.07080.0572-0.02890.21660.017-0.01730.2122-0.01750.210313.951948.874210.9384
152.59490.53690.67610.15440.30930.8418-0.0613-0.00260.1347-0.0963-0.01730.2176-0.1073-0.19750.06740.39510.0971-0.2870.5953-0.04020.9202-8.726949.25540.3836
163.43890.10190.30031.22-0.17950.74940.2140.11310.3466-0.3439-0.21070.1583-0.1779-0.26590.0540.36590.0968-0.08930.24810.04560.37538.116259.42874.6573
172.7510.96430.19074.6634-0.56234.90460.25110.21880.0978-0.0720.0071-0.4798-0.19520.2557-0.11250.2442-0.05230.08060.2465-0.0590.336331.190960.528412.349
181.01940.22610.78420.44770.5131.2679-0.19220.17370.42240.1721-0.0122-0.2687-0.30880.2101-0.70210.3485-0.0266-0.46960.38070.02920.662844.120819.162533.9453
190.46590.15370.20540.95960.44660.5490.0726-0.4204-0.1450.86390.0873-0.5280.25450.24060.13150.50480.0062-0.41140.25150.0241-0.04128.281427.525542.1175
200.97650.05110.08640.7039-0.56420.56180.0893-0.49550.05030.31360.09480.0926-0.0071-0.00020.03220.7946-0.14770.13260.4528-0.01750.136311.351630.244150.4395
210.9506-0.690.21940.7282-0.31121.45490.0216-0.2733-0.19950.5739-0.058-0.31660.30730.21840.04510.3751-0.029-0.0960.22990.01730.202724.867419.27133.9428
221.355-0.16790.74723.90860.25921.7425-0.1376-0.6380.13670.63910.0620.2891-0.2357-0.1336-0.16010.8948-0.03-0.04830.5173-0.02450.222318.732328.554951.6451
230.5602-0.0727-0.42190.60430.23360.90760.0164-0.3402-0.12320.52630.048-0.10730.03480.0994-0.18720.75130.0542-0.30820.38690.11870.290529.119213.85344.6445
246.1742-2.0662.93290.7594-0.55334.08720.00260.10470.222-0.0197-0.0689-0.1415-0.042-0.02550.16660.4213-0.0298-0.29330.60190.17390.886645.2365-0.582531.2036
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401.27320.05340.25740.2029-0.31050.56740.04180.07230.02470.0109-0.06680.0931-0.1487-0.33390.34760.46790.23970.23630.6267-0.13170.7324.737363.383535.2891
412.501-0.9831-0.61850.9361-0.2760.64950.2362-0.26160.15420.33840.0082-0.1375-0.04050.070.28240.4773-0.0823-0.04210.3361-0.2090.25822.607456.426641.765
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:23)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 24:82)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 83:129)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 130:152)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 153:214)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 215:222)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 223:242)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 243:256)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 0:23)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 24:82)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 83:100)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 101:129)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 130:152)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 153:214)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 215:222)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 223:242)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 243:256)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 0:23)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 24:129)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 130:152)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 153:197)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 198:222)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resseq 223:253)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resseq 254:265)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 0:23)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 24:82)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 83:100)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 101:129)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 130:152)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 153:175)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resseq 176:197)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resseq 198:214)
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resseq 215:222)
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resseq 223:243)
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resseq 244:256)
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resseq 0:69)
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resseq 70:129)
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resseq 130:152)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resseq 153:214)
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resseq 215:222)
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resseq 223:242)
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resseq 243:256)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る