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- PDB-3te0: Crystal structure of HSC K148E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3te0
タイトルCrystal structure of HSC K148E
要素formate/nitrite transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Formate and nitrite transporters signature 1. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate/nitrite transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Czyzewski, B.K. / Wang, D.-N.
引用ジャーナル: Nature / : 2012
タイトル: Identification and characterization of a bacterial hydrosulphide ion channel.
著者: Czyzewski, B.K. / Wang, D.N.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: formate/nitrite transporter
B: formate/nitrite transporter
C: formate/nitrite transporter
D: formate/nitrite transporter
E: formate/nitrite transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5069
ポリマ-141,3375
非ポリマー1,1694
7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18870 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area41130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.436, 118.468, 150.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
formate/nitrite transporter


分子量: 28267.375 Da / 分子数: 5 / 変異: K148E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
: 630
遺伝子: CD630_22300, Putative formate/nitrite transporter
プラスミド: pBad / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186B7
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / : C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 / 詳細: PEG 400, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 105425 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.1470.6931100
2.14-2.1870.6051100
2.18-2.2270.5261100
2.22-2.267.10.4431100
2.26-2.317.10.3831100
2.31-2.377.10.3381100
2.37-2.427.10.2911100
2.42-2.497.10.2571100
2.49-2.567.10.2241100
2.56-2.657.10.1971100
2.65-2.747.20.1671100
2.74-2.857.20.1431100
2.85-2.987.20.1231100
2.98-3.147.20.1051100
3.14-3.337.30.0911100
3.33-3.597.20.0791100
3.59-3.957.10.0721100
3.95-4.526.90.065199.7
4.52-5.76.80.059199.7
5.7-506.60.065198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→49.72 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 5258 5 %
Rwork0.168 --
obs0.17 105248 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.92 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.2005 Å20 Å2
3---2.5495 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9558 0 80 432 10070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19313393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1563534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1691692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0889-2.11260.22771470.19192919X-RAY DIFFRACTION88
2.1126-2.13740.21381620.18783286X-RAY DIFFRACTION100
2.1374-2.16350.251810.18793318X-RAY DIFFRACTION100
2.1635-2.19090.2441620.18233328X-RAY DIFFRACTION100
2.1909-2.21970.21941720.17643313X-RAY DIFFRACTION100
2.2197-2.25010.22521700.16993345X-RAY DIFFRACTION100
2.2501-2.28230.22551670.15973319X-RAY DIFFRACTION100
2.2823-2.31630.18291680.15143339X-RAY DIFFRACTION100
2.3163-2.35250.19871700.14973294X-RAY DIFFRACTION100
2.3525-2.39110.1871770.14633310X-RAY DIFFRACTION100
2.3911-2.43230.19361930.14433314X-RAY DIFFRACTION100
2.4323-2.47660.16661780.14193331X-RAY DIFFRACTION100
2.4766-2.52420.21971990.14893303X-RAY DIFFRACTION100
2.5242-2.57570.18571690.14993342X-RAY DIFFRACTION100
2.5757-2.63170.20251720.15593339X-RAY DIFFRACTION100
2.6317-2.69290.20191750.15183341X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.76030.19391900.14753320X-RAY DIFFRACTION100
2.7603-2.83490.17281560.15073338X-RAY DIFFRACTION100
2.8349-2.91830.18731960.15373341X-RAY DIFFRACTION100
2.9183-3.01250.20462000.15523313X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.12020.17161790.15643339X-RAY DIFFRACTION100
3.1202-3.24510.2141620.16333371X-RAY DIFFRACTION100
3.2451-3.39270.17441680.16663351X-RAY DIFFRACTION100
3.3927-3.57150.19161840.16463372X-RAY DIFFRACTION100
3.5715-3.79520.18991700.16673388X-RAY DIFFRACTION100
3.7952-4.08810.1991740.16693403X-RAY DIFFRACTION100
4.0881-4.49930.18531660.16193383X-RAY DIFFRACTION100
4.4993-5.14980.18921790.16953419X-RAY DIFFRACTION100
5.1498-6.48590.25021840.20963443X-RAY DIFFRACTION100
6.4859-49.73210.20081880.20243468X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31490.58840.12355.69040.46071.9020.0603-0.280.19010.6726-0.0086-1.2321-0.27660.2733-0.05510.4806-0.0386-0.10890.4574-0.05620.323126.7987-25.039210.2126
21.558-0.66260.15072.32970.12022.14450.0052-0.1282-0.07060.19380.03620.0668-0.0973-0.1129-0.03310.22530.0020.05860.1994-0.01080.19439.278-18.8486-6.8773
31.3516-0.43840.1641.56950.03930.60530.1037-0.40960.00310.54390.07820.1034-0.00390.0884-0.06270.4031-0.01470.02440.2962-0.08370.214513.5403-17.81538.9248
42.01792.2741-2.1852.962-1.70214.20040.00960.15510.22680.04390.20340.747-0.0135-0.4472-0.21190.25370.05540.06290.3634-0.02420.415-6.4146-16.3748-6.9585
50.6069-0.194-0.64561.77370.12750.8089-0.06-0.2292-0.04410.2730.08370.07080.02890.0482-0.04090.25040.00750.01110.2257-0.00810.1739.4507-26.4649-1.2926
68.87232.92670.59948.69924.98513.5504-0.25340.40260.9043-0.60840.11110.7012-0.224-0.68890.19920.22750.1250.02440.4439-0.04520.3922-8.9826-9.4965-2.9533
75.0612-3.59861.07443.664-0.36160.9182-0.2361-0.6239-0.08540.46590.40930.37040.1025-0.2784-0.16290.39080.01210.12980.3479-0.00110.22541.6038-22.41018.8054
82.98661.18090.65554.6515-1.31385.3594-0.2734-0.80690.00191.03160.2747-0.34890.19690.4768-0.00970.53660.0465-0.11240.3532-0.00740.210720.4249-36.936312.6709
93.087-0.7084-2.45141.5341.01562.38910.2148-0.40130.12470.17310.2697-0.1802-0.04090.7523-0.43130.36220.034-0.13280.30130.0030.330532.5846-51.7898-1.3501
101.6898-0.57540.04412.3121-0.55683.13170.0378-0.1542-0.13810.19070.06180.22790.0162-0.2934-0.11710.1975-0.03390.03040.13830.00950.19879.9867-41.6105-6.1537
111.26420.8506-0.0960.6390.16341.53580.0735-0.177-0.21560.18580.0224-0.01060.3994-0.1142-0.01680.4191-0.0159-0.06610.25520.06430.335927.042-57.7628-2.6885
123.5198-1.51860.43012.3821-0.17240.7762-0.1666-0.6589-0.32130.55230.2092-0.03430.1598-0.0911-0.07870.3953-0.05640.02920.2710.07640.245412.4826-50.89544.7398
132.08761.16770.08742.18080.06021.6184-0.25040.2174-0.60060.0849-0.01790.49210.4277-0.37170.25260.2757-0.12190.14610.3361-0.02720.4351-4.9983-46.7347-7.1796
140.6121-0.1839-0.31261.78070.34730.6525-0.0035-0.0488-0.25330.2429-0.0398-0.00490.1629-0.04940.03240.2879-0.0276-0.02460.23660.00270.237914.0342-48.8171-10.4899
150.6060.17960.32670.1403-0.0810.5215-0.0739-0.1624-0.2845-0.06230.07730.19560.0776-0.2528-0.18910.2655-0.20960.19990.83120.021.0267-8.4145-49.3716-0.3345
167.87140.622-2.96243.6175-0.25364.2007-0.10220.1876-0.88970.1704-0.05930.47220.4839-0.72990.0730.3919-0.101-0.00270.26010.08470.32688.5897-59.5418-4.5958
173.8075-1.68931.00655.3244-0.72625.20690.0187-0.1292-0.43810.3327-0.0201-0.44910.27040.40910.00870.36110.052-0.08860.1925-0.01490.364231.6667-60.3947-12.3443
182.821-1.8721-2.15826.59564.32775.33450.0008-0.16160.21710.31230.3818-1.01690.31650.6258-0.36020.19440.00820.05130.33550.07360.496444.3185-18.9558-34.0359
191.54960.4016-0.27692.1638-0.01071.2220.02660.29750.0571-0.322-0.0125-0.2277-0.02610.0905-0.02050.24220.03750.04090.23650.02260.179728.5384-27.4918-42.0707
202.75060.7031-1.05123.2097-0.61552.02980.16630.71630.2852-0.66150.03420.6307-0.3295-0.12740.1810.39770.1125-0.14230.3925-0.07860.155911.5987-30.531-50.4797
210.6853-0.23950.27631.8311-0.3421.30960.05710.19730.1579-0.1316-0.1255-0.2104-0.14210.2430.02760.2330.01090.05140.24430.02120.255125.1213-19.3158-33.9116
222.042-0.9567-0.82034.8137-0.00922.1058-0.02480.2585-0.1688-1.05080.09110.85410.225-0.07590.09330.47010.0239-0.10160.30810.02120.331619.233-28.7106-51.6994
233.45070.63621.83272.21221.13673.46580.04470.33510.3198-0.5763-0.1856-0.1091-0.2585-0.1604-0.00440.34550.02360.12780.30790.1030.331829.2712-13.8177-44.6734
246.26135.427-3.30765.3446-1.45976.94890.26190.2240.25880.08820.38020.1085-0.3391-0.216-0.00820.3455-0.04770.13670.37290.1420.86345.72970.746-30.9001
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:23)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 24:82)
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 215:222)
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16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 223:242)
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25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 0:23)
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37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resseq 70:129)
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resseq 130:152)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resseq 153:214)
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resseq 215:222)
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resseq 223:242)
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resseq 243:256)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る