PDB-3tds: Crystal structure of HSC F194I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tds

タイトル

Crystal structure of HSC F194I

要素

formate/nitrite transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

formate transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.975 Å

データ登録者

Czyzewski, B.K. / Wang, D.-N.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Identification and characterization of a bacterial hydrosulphide ion channel.
著者: Czyzewski, B.K. / Wang, D.N.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tds.cif.gz	496.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tds.ent.gz	414.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tds_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tds_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3tds_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	3tds_validation.cif.gz	68.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tds	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tdoC 3tdpC 3tdrC 3tdxC 3te0C 3te1C 3te2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3te1-d 3tdx-d 3tdo-d 4fc4-1 3tdr-2 3te2-d 3tdr-1 3te0-d 3kcu-d 3tdp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

E: formate/nitrite transporter

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

143 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.611, 118.051, 150.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	E
2	1	A
3	1	B
4	1	C
5	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain E and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	E	5 - 220
1	2	1	chain E and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	E	225 - 259
2	1	1	chain A and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	A	5 - 220
2	2	1	chain A and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	A	225 - 259
3	1	1	chain B and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	B	5 - 220
3	2	1	chain B and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	B	225 - 259
4	1	1	chain C and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	C	5 - 220
4	2	1	chain C and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	C	225 - 259
5	1	1	chain D and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	D	5 - 220
5	2	1	chain D and (resseq 5:220 or resseq 225:259 ) and (not element H)	D	225 - 259

#1: タンパク質

formate/nitrite transporter

分子量: 28233.426 Da / 分子数: 5 / 変異: F194I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630
遺伝子: CD630_22300, Putative formate/nitrite transporter
プラスミド: pBad / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186B7

#2: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.975 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.975 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.975→50 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.03-2.07	7.5	0.771	1	100
2.07-2.1	7.5	0.644	1	100
2.1-2.14	7.5	0.548	1	100
2.14-2.19	7.5	0.444	1	100
2.19-2.23	7.5	0.381	1	100
2.23-2.29	7.5	0.315	1	100
2.29-2.34	7.5	0.28	1	100
2.34-2.41	7.5	0.238	1	100
2.41-2.48	7.5	0.211	1	100
2.48-2.56	7.5	0.19	1	100
2.56-2.65	7.5	0.168	1	100
2.65-2.76	7.5	0.148	1	100
2.76-2.88	7.4	0.127	1	100
2.88-3.03	7.4	0.111	1	100
3.03-3.22	7.4	0.094	1	99.9
3.22-3.47	7.3	0.088	1	100
3.47-3.82	6.8	0.078	1	99.9
3.82-4.37	6.6	0.066	1	99.6
4.37-5.51	6.6	0.059	1	99.1
5.51-50	6.5	0.052	1	94.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.975→41.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	6085	5.03 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1782	121087	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 79.343 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.4537 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.5016 Å²	-0 Å²
3-	-	-	14.9483 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.975→41.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9543	0	152	304	9999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9847
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	13316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.998	3408
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1576

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	E	1850	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	2	A	1850	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	3	B	1854	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	4	C	1854	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
1	5	D	1854	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9752-2.0458	0.2577	587	0.2267	10046	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0458-2.1277	0.2484	602	0.2119	11527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1277-2.2245	0.2243	623	0.1879	11573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2245-2.3418	0.2081	614	0.1665	11582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3418-2.4885	0.1927	620	0.1583	11596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4885-2.6806	0.2092	592	0.1607	11680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6806-2.9503	0.1991	603	0.1677	11683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9503-3.377	0.21	599	0.1769	11714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-4.2541	0.1933	611	0.1661	11778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2541-41.9835	0.2033	634	0.1872	11823	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.643	-1.9129	1.7326	5.8729	-5.8408	7.105	-0.0072	0.0423	0.0605	-0.0863	-0.1468	-1.5906	0.0476	0.4197	0.2581	0.2596	-0.0277	-0.068	0.419	-0.1719	0.639	42.7447	48.7959	28.4929
2	3.0566	1.3965	-0.2811	4.3454	-0.4777	1.9218	0.1189	-0.2947	0.3574	0.3396	-0.0157	0.1544	-0.0684	-0.0296	-0.0771	0.2235	0.0232	0.0221	0.2229	-0.0929	0.225	17.6933	48.5738	26.2305
3	2.4213	-1.0672	-1.3345	3.751	-0.796	1.3212	0.0204	-0.044	0.5701	0.757	-0.2518	-0.6223	0.0049	0.1773	0.139	0.4864	-0.0437	-0.1684	0.4127	-0.1595	0.6075	39.3245	50.3721	35.853
4	5.5888	-0.1309	1.6969	2.3711	0.3708	2.262	0.1335	-0.1681	0.6453	0.2368	-0.0425	-0.1712	-0.0543	0.1724	-0.0089	0.3242	-0.0209	0.0442	0.2828	-0.1876	0.4792	25.8249	60.1353	29.7741
5	3.366	0.5348	2.7099	3.6089	-0.28	8.1335	0.2101	-0.7857	0.3475	0.532	-0.0457	0.6631	-0.124	-0.7673	0.023	0.3726	0.0007	0.1777	0.385	-0.1676	0.5119	5.6476	54.6296	34.2454
6	0.9914	0.3694	0.5176	3.2973	0.6921	2.2548	0.0933	-0.1364	0.2292	0.5203	-0.0379	-0.1759	0.0166	-0.1228	-0.0717	0.2871	-0.0386	-0.0365	0.2921	-0.0805	0.2773	22.7886	45.1212	33.6837
7	1.3853	-0.6948	0.6117	0.9169	0.8767	5.7825	0.0145	-0.1361	0.1289	0.1253	0.1282	0.0027	-0.3191	-0.4708	0.2042	0.5972	0.1453	0.2967	0.6801	-0.2268	0.9827	4.5918	62.5671	35.4319
8	6.071	-4.7359	-4.2887	3.9952	3.6919	4.0721	0.0581	-0.4939	0.1664	0.8736	0.0904	-0.1297	0.4308	0.052	-0.0782	0.4976	-0.1173	-0.0013	0.3845	-0.1789	0.4157	22.6123	55.9598	41.9126
9	4.1612	3.2682	3.1352	3.2411	0.4148	8.5545	0.0687	-0.0571	-0.4635	0.3345	0.3865	-0.961	0.0553	0.7731	-0.067	0.5894	0.0558	-0.4418	0.3675	-0.1008	0.7069	41.9192	41.0227	40.9161
10	2.1116	-2.8547	-1.5319	4.2271	2.9937	5.1215	-0.1819	0.1384	-0.2832	-0.716	0.3301	-1.3493	0.025	0.5165	-0.2034	0.5498	-0.062	0.2324	0.4643	-0.0912	0.4254	26.5774	25.0223	-10.2018
11	1.1766	0.4327	0.0487	3.0556	-0.0325	1.5551	-0.0627	0.2384	-0.1093	-0.5429	0.0528	0.0894	0.0005	-0.0336	-0.0217	0.2356	-0.0333	-0.0135	0.2392	-0.0617	0.2064	11.0742	18.2789	-0.429
12	4.5717	-2.0114	2.9093	3.0959	0.5539	3.3861	-0.0761	-0.3234	-0.4872	0.0483	0.2795	1.1192	-0.0881	-0.7235	-0.2308	0.1932	-0.0326	-0.0356	0.3443	-0.0516	0.4803	-6.1567	15.5989	7.0319
13	1.6241	0.898	0.8699	3.6546	0.9434	1.1564	-0.1337	0.1986	-0.0261	-0.5041	0.053	0.4127	-0.0599	-0.021	0.0784	0.2914	-0.0164	-0.0442	0.3019	-0.0257	0.2396	6.2317	24.2161	-0.6235
14	6.2626	-5.8424	2.0235	7.9324	-1.5282	8.7636	-0.1728	1.1908	0.1062	-0.8233	0.3039	-0.4747	-0.0567	0.6138	-0.2174	0.6636	-0.1457	0.1315	0.3764	-0.0372	0.2726	20.0908	36.8724	-12.6183
15	7.6284	0.7821	6.0565	3.9482	0.4703	6.2413	-0.0351	0.5681	0.1249	-0.5755	0.1634	-0.4254	0.3251	0.9117	-0.0137	0.2857	-0.0479	0.1714	0.2323	-0.0361	0.3806	31.8877	51.7042	1.6675
16	3.6532	1.3954	-1.6194	3.631	-0.8648	4.3493	-0.0158	0.1762	0.2635	-0.2614	0.0865	0.3748	-0.1513	-0.2905	-0.105	0.214	0.0228	-0.0655	0.2046	-0.0048	0.2432	9.538	41.278	6.3135
17	5.467	-2.5342	2.9998	3.3799	1.3706	6.6251	0.1464	0.0145	0.5036	-0.4956	-0.0839	-0.3327	-0.5823	0.2297	-0.0737	0.3416	-0.0198	0.1017	0.2158	0.01	0.3706	26.3773	57.6995	2.837
18	5.1144	2.5753	-0.013	4.6092	0.1032	1.6892	-0.3265	0.7925	0.7516	-0.9394	0.339	0.3199	-0.2961	-0.054	-0.0061	0.4749	0.0347	-0.0965	0.2548	0.0856	0.3251	11.9195	50.7374	-4.5647
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30	3.0488	0.8555	0.0557	4.103	-1.3601	5.1715	-0.3274	0.135	-0.7203	-0.0529	0.1754	-0.5395	0.7236	0.3809	0.0728	0.3255	0.0231	0.0165	0.2916	-0.0361	0.6039	27.3356	-0.4185	9.5383
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33	1.8684	-0.1927	0.9106	1.6971	0.7384	1.8219	0.0941	0.0645	-0.3409	0.3831	0.0307	-0.2964	0.3081	-0.039	-0.0843	0.2912	-0.0191	0.0027	0.2051	0.0214	0.321	15.4239	9.3808	17.8512
34	4.4086	-0.7504	3.5633	1.7877	1.7701	8.207	-0.0422	-0.7519	0.0032	1.339	-0.4052	0.2572	-0.7759	-0.3877	0.1365	1.2722	-0.3667	-0.0036	0.9764	0.2591	0.8867	4.144	-0.8091	38.1799
35	5.3881	3.4084	-3.9401	7.1627	-4.8092	5.6664	0.0173	-0.1113	-0.6863	0.593	-0.2661	-0.1573	-0.1563	-0.0779	0.2679	0.443	-0.0332	0.037	0.2533	0.0085	0.4764	11.9336	-3.6904	19.4342
36	1.304	-0.7014	-0.5969	3.9679	-2.4015	8.9682	-0.4015	0.4307	-0.4319	-0.9264	0.2606	-0.9758	0.3974	0.6318	0.2491	0.322	-0.0024	0.1431	0.3619	-0.1086	0.5827	24.3785	3.7518	-0.0116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'E' and (resseq 1:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resseq 24:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resseq 83:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resseq 101:129)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resseq 130:152)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resseq 153:214)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resseq 215:222)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resseq 223:242)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resseq 243:256)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 0:23)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 24:128)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 129:152)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 153:242)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 243:256)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 0:23)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 24:82)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 83:100)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 101:129)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 130:152)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 153:242)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 243:256)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 0:69)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 70:100)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 101:197)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resseq 198:222)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resseq 223:253)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resseq 254:265)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 0:23)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 24:82)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 83:100)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 101:129)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 130:152)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 153:214)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 215:222)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 223:242)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resseq 243:256)

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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