PDB-3tdp: Crystal structure of HSC at pH 4.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tdp

タイトル

Crystal structure of HSC at pH 4.5

要素

formate/nitrite transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

formate transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Czyzewski, B.K. / Wang, D.-N.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Identification and characterization of a bacterial hydrosulphide ion channel.
著者: Czyzewski, B.K. / Wang, D.N.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tdp.cif.gz	480 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tdp.ent.gz	401.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tdoC 3tdrC 3tdsC 3tdxC 3te0C 3te1C 3te2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3te0-d 3te2-d 3tdr-2 3tdr-1 3tds-d 3te1-d 4fc4-2 3tdx-d 3tdo-d 3kcu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

E: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

137 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

E: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

A: formate/nitrite transporter

B: formate/nitrite transporter

C: formate/nitrite transporter

D: formate/nitrite transporter

E: formate/nitrite transporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
274 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.515, 162.903, 194.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

formate/nitrite transporter

分子量: 27119.152 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630
遺伝子: CD630_22300, Putative formate/nitrite transporter
プラスミド: pBad / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186B7

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG 6000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.975 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.975 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 38717 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3-3.05	6.9	0.707	1	98.5
3.05-3.11	7	0.676	1	99.6
3.11-3.17	7.2	0.623	1	100
3.17-3.23	7.2	0.539	1	100
3.23-3.3	7.2	0.516	1	100
3.3-3.38	7.2	0.42	1	100
3.38-3.46	7.2	0.339	1	100
3.46-3.56	7.2	0.304	1	100
3.56-3.66	7.2	0.24	1	100
3.66-3.78	7.2	0.192	1	100
3.78-3.91	7.2	0.16	1	100
3.91-4.07	7.1	0.13	1	100
4.07-4.26	7.1	0.105	1	100
4.26-4.48	7.1	0.095	1	100
4.48-4.76	7.1	0.091	1	100
4.76-5.13	7	0.097	1	99.9
5.13-5.64	7	0.106	1	100
5.64-6.46	6.9	0.097	1	99.9
6.46-8.13	6.6	0.057	1	99.9
8.13-50	6.7	0.038	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.99→48.44 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.8 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	1942	5.02 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.189	38654	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.86 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.7223 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	26.4041 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.6818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→48.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9457	0	65	36	9558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	13186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.442	3479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.161	1671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9932-3.0681	0.362	144	0.2722	2483	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0681-3.151	0.2825	130	0.2277	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.151-3.2437	0.2446	121	0.2121	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2437-3.3484	0.3455	149	0.2218	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3484-3.468	0.3011	143	0.211	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.6068	0.2748	130	0.1928	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6068-3.7709	0.2661	148	0.1728	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7709-3.9697	0.2221	121	0.1633	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9697-4.2182	0.2084	127	0.1478	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2182-4.5437	0.1588	141	0.1321	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5437-5.0005	0.1796	126	0.1342	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0005-5.7231	0.2898	164	0.1956	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7231-7.2067	0.2158	154	0.1993	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2067-48.4485	0.2247	144	0.2238	2765	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7969	-0.0519	0.8054	2.8213	-0.3907	2.4021	-0.1346	0.2236	-0.0859	-0.0336	-0.0618	-0.1601	-0.3432	-0.1834	0.0377	0.3058	0.1695	-0.1203	0.3295	0.0112	0.2767	-17.5921	48.3791	-40.2958
2	1.0491	0.0702	-0.2515	0.8155	0.1205	1.0978	0.1792	-0.0227	0.0048	0.105	-0.0257	0.0986	-0.0104	0.1103	-0.0481	0.1963	0.0313	0.0635	0.4385	0.0707	0.1767	-15.605	36.8707	-18.0009
3	0.8329	0.0614	-0.6224	0.2446	0.2336	0.7875	0.0841	0.0464	0.0939	-0.0291	0.0412	0.2321	-0.2853	-0.5116	-0.1729	0.1568	0.1131	0.0229	0.5725	-0.0589	0.2419	-24.7564	47.0584	-27.0337
4	0.7144	-0.691	0.2392	1.3894	0.853	1.7184	-0.2466	-0.388	-0.0646	0.3125	-0.0983	-0.0456	0.2673	-0.1336	0.1338	0.4354	0.1316	0.1265	0.8486	-0.0368	0.3299	-19.768	39.8066	-3.154
5	1.0135	-0.3095	0.1958	0.8283	0.0984	0.8668	-0.0052	-0.069	-0.1946	0.0361	0.0051	0.1846	-0.1682	-0.442	-0.0932	0.2431	0.1239	-0.0206	0.3697	0.0228	0.1626	-12.3791	45.6772	-20.3924
6	0.4417	-0.0804	0.2387	0.428	0.3648	1.9402	-0.1867	0.0651	-0.0932	0.0809	0.0148	0.2021	-0.1596	-0.561	-0.1357	0.644	-0.0154	0.1047	0.9588	-0.1184	0.2698	-27.9953	39.7909	-1.4561
7	1.1729	-0.3038	-0.3331	1.197	0.2355	0.4968	-0.0356	-0.2069	0.2113	0.1058	-0.0905	0.0333	0.018	-0.0321	-0.2455	0.2596	0.1917	-0.0016	0.2705	-0.1601	0.2888	-22.7797	53.2503	-15.924
8	1.2573	-0.0029	0.449	1.0938	0.3981	0.3062	0.1041	0.3386	-0.0876	-0.3267	-0.234	0.2199	-0.2713	-0.1348	0.0234	0.5178	0.2588	0.0132	0.3854	-0.0383	0.3652	-10.1966	59.2459	-35.6089
9	3.2835	0.1437	-0.456	1.8884	-0.0587	2.9103	0.1899	0.1699	-0.096	-0.1514	0.0829	-0.0103	-0.2332	-0.0121	-0.0483	0.2169	-0.1621	-0.0793	0.2826	0.1066	0.1718	10.7156	54.8421	-43.1045
10	1.5421	-0.2252	-0.0607	1.5391	0.3315	1.6048	-0.1453	-0.2258	0.0759	-0.0677	0.0758	-0.1162	0.0004	0.02	0.0412	0.1851	0.0288	0.0108	0.2415	-0.0733	0.1766	2.4903	50.6631	-19.7537
11	0.6689	-0.2576	0.3237	1.3452	0.4528	0.4475	-0.069	0.0099	0.072	-0.1583	-0.0208	0.2192	-0.3069	0.4757	-0.0318	0.3788	-0.1426	-0.0284	0.5704	-0.0651	0.3628	16.1623	57.9726	-37.7573
12	0.4319	0.049	-0.0323	0.9072	0.1177	0.1722	0.0208	-0.171	0.2031	0.1745	-0.0029	0.0814	-0.2247	0.037	-0.0902	0.524	-0.0492	-0.1236	0.1898	-0.2243	0.2979	4.2124	63.6973	-25.9337
13	1.1816	-0.3801	-0.0119	1.2848	-1.154	1.5851	-0.1014	-0.2088	0.138	0.3599	-0.2143	0.2045	-0.4108	0.2026	-0.5051	0.4841	0.0189	-0.0071	0.4629	-0.2136	0.231	4.977	56.9437	-5.5419
14	1.2297	-0.0133	-0.4224	0.9948	-0.313	1.3583	-0.0274	-0.1817	0.1669	0.0015	-0.0339	0.0898	-0.2244	0.0598	0.08	0.2194	-0.0089	-0.0084	0.38	-0.0189	0.2058	11.7153	50.0748	-22.7636
15	0.222	0.1555	0.3263	0.1083	0.2285	0.4796	0.0974	-0.3126	0.2417	0.1776	0.0603	0.138	-0.5943	-0.2738	-0.0052	1.1001	0.3083	0.1549	1.105	-0.2798	0.5068	2.7757	65.0278	-4.3107
16	1.3685	-0.3636	-0.2113	0.8093	-0.6862	0.8077	-0.1684	-0.2637	0.1545	0.2086	-0.0504	-0.1635	-0.2642	-0.103	0.1855	0.3295	-0.1675	-0.1089	0.3668	-0.104	0.299	15.935	62.6543	-19.6967
17	0.929	-0.8474	-0.965	2.54	0.7315	1.3306	-0.0315	0.3443	0.37	-0.3127	-0.0788	0.13	-0.2193	0.0832	0.0031	0.2166	-0.1688	-0.0287	0.5413	0.0706	0.3837	24.5069	50.6377	-39.4208
18	0.4489	0.3731	-0.1368	1.7415	0.5935	3.6123	-0.0308	0.0628	-0.1	0.02	-0.1677	0.1511	0.1005	0.1318	0.0695	0.3989	0.0278	0.1048	0.1027	-0.0199	0.0449	6.4182	6.1146	-42.7252
19	0.2489	-0.1229	0.0424	0.1404	-0.0619	0.0301	-0.0306	-0.1056	-0.045	-0.0448	-0.0471	-0.0783	0.2386	0.1306	-0.1843	0.3501	0.5474	-0.0841	0.096	0.2579	0.1002	14.3306	9.7456	-25.486
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41	2.6025	-0.1207	-1.0743	1.0174	0.0275	0.7394	-0.0667	-0.6691	-0.198	0.2063	-0.1031	-0.1081	0.0839	0.358	0.1712	0.1207	0.1756	0.019	0.6267	0.0967	0.3711	36.7465	28.4507	-21.7279
42	2.531	-1.4068	-0.1124	2.3202	-0.1654	0.301	0.0307	-0.0624	-0.1038	-0.0325	0.0802	0.2248	0.0408	0.0545	0.2988	0.5331	0.4023	-0.0436	0.5388	-0.0053	0.5399	26.8099	15.0058	-39.6432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 24:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 83:129)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 130:152)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 153:214)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 215:222)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 223:242)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 243:256)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 0:23)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 24:82)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 83:100)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 101:129)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 130:152)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 153:214)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 215:222)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 223:242)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 243:256)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 0:23)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 24:129)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 130:152)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 153:197)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 198:222)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 223:253)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 254:265)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 0:23)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 24:82)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 83:100)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 101:129)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 130:152)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 153:175)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 176:197)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 198:214)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 215:222)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 223:243)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 244:256)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resseq 0:69)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resseq 70:129)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resseq 130:152)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resseq 153:214)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resseq 215:222)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resseq 223:242)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resseq 243:256)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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