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- PDB-3tdn: Computationally designed two-fold symmetric Tim-barrel protein, FLR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tdn
タイトルComputationally designed two-fold symmetric Tim-barrel protein, FLR
要素FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL
キーワードDE NOVO PROTEIN / SYMMETRIC SUPERFOLD / TIM-BARREL
機能・相同性Rossmann fold - #12600 / Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Harp, J.M. / Fortenberry, C. / Bowman, E. / Profitt, W. / Dorr, B. / Mizoue, L. / Meiler, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Exploring symmetry as an avenue to the computational design of large protein domains.
著者: Fortenberry, C. / Bowman, E.A. / Proffitt, W. / Dorr, B. / Combs, S. / Harp, J. / Mizoue, L. / Meiler, J.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL
B: FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3952
ポリマ－53,3952
非ポリマー00
水4,666259
1
A: FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL

A: FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3952
ポリマ－53,3952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
手法PISA
2
B: FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6971
ポリマ－26,6971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.222, 67.222, 124.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 FLR SYMMETRIC ALPHA-BETA TIM BARREL


分子量: 26697.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IS COMPUTATIONALLY DESIGNED BASED ON A TIM-BARREL. THE FULL CRYSTALLIZED SEQUENCE HAS ...THE SEQUENCE IS COMPUTATIONALLY DESIGNED BASED ON A TIM-BARREL. THE FULL CRYSTALLIZED SEQUENCE HAS BEEN PROVIDED IN SEQRES REMARK. HOWEVER, CHAIN A IS ON A CRYSTALLOGRAPHIC AXIS AND THE FULL MOLECULE IS GENERATE BY SYMMETRY AS DESCRIBED IN REMARK 350 AND THEREFORE RESIDUES 122-242 ARE ABSENT FROM THE FINAL MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 1000, 0.1M SODIUM CITRATE, 0.1 M AMMONIUM CHLORIDE, pH 4.2, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月23日
放射モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 63971 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 19.35
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: COMPUTATIONAL MODEL

解像度: 1.4→42.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.793 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.013 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 3264 5.1 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.159 60459 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 21.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.31 Å20 Å2
3---8.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 0 259 2978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.9633750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09634614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4635358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02123.451113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62915494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9161.51762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9811.5740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.31122840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.27331014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3324.5908
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.35334669
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 236 -
Rwork0.175 4273 -
obs--95.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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