PDB-3tdk: Crystal Structure of Human UDP-Glucose Dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tdk

タイトル

Crystal Structure of Human UDP-Glucose Dehydrogenase

要素

UDP-glucose 6-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OPEN HEXAMER / UGDH / UPG / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Rajakannan, V. / Han, C. / Robinson, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Cooperativity in Human UDP-Glucose Dehydrogenase.
著者: Rajakannan, V. / Lee, H.S. / Chong, S.H. / Ryu, H.B. / Bae, J.Y. / Whang, E.Y. / Huh, J.W. / Cho, S.W. / Kang, L.W. / Choe, H. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tdk.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tdk.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tdk_validation.pdf.gz	7.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tdk_full_validation.pdf.gz	7.2 MB	表示
XML形式データ	3tdk_validation.xml.gz	201.2 KB	表示
CIF形式データ	3tdk_validation.cif.gz	266 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3prj-d 5vr8-d 3ptz-d 6c58-d 6c4j-2 2qg4-5 2qg4-4 2qg4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

G: UDP-glucose 6-dehydrogenase

H: UDP-glucose 6-dehydrogenase

L: UDP-glucose 6-dehydrogenase

K: UDP-glucose 6-dehydrogenase

F: UDP-glucose 6-dehydrogenase

E: UDP-glucose 6-dehydrogenase

D: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

J: UDP-glucose 6-dehydrogenase

I: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

666 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

F: UDP-glucose 6-dehydrogenase

E: UDP-glucose 6-dehydrogenase

D: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
333 kDa, 6 ポリマー
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2

G: UDP-glucose 6-dehydrogenase

H: UDP-glucose 6-dehydrogenase

L: UDP-glucose 6-dehydrogenase

K: UDP-glucose 6-dehydrogenase

J: UDP-glucose 6-dehydrogenase

I: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
333 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.132, 191.177, 225.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-Glc dehydrogenase / UDP-GlcDH / UDPGDH 分子量: 54298.938 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP RESIDUES 1-487 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60701, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.11 % / Mosaicity: 0.59 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: vapr diffusion / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 21% PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, vapr diffusion, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 4A / 波長: 1 Å

検出器

検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2005年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→145.91 Å / Num. all: 176566 / Num. obs: 176566 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.127 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.8-2.95	3.7	0.599	0.517	1.4	89032	24023	0.292	0.599	0.517	2.5	90.5
2.95-3.13	3.9	0.422	0.367	1.7	90866	23143	0.201	0.422	0.367	3.4	92.2
3.13-3.35	4.2	0.289	0.254	2.8	93087	22215	0.134	0.289	0.254	4.8	94
3.35-3.61	4.4	0.231	0.204	2.1	94672	21312	0.105	0.231	0.204	6.7	96.6
3.61-3.96	4.7	0.208	0.185	2.6	95105	20086	0.093	0.208	0.185	8.8	98.6
3.96-4.43	5.3	0.109	0.098	6.5	97660	18424	0.046	0.109	0.098	11.3	99.7
4.43-5.11	6.1	0.092	0.084	7.2	99339	16387	0.037	0.092	0.084	13.2	99.9
5.11-6.26	6.7	0.092	0.085	7.1	93423	13909	0.035	0.092	0.085	12.3	100
6.26-8.85	7.1	0.073	0.067	8.1	77135	10888	0.027	0.073	0.067	14	100
8.85-49.625	6.6	0.055	0.05	9.8	40932	6179	0.021	0.055	0.05	16	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→145.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 33.834 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2609	8844	5 %	RANDOM
R_work	0.2298	-	-	-
obs	0.2314	176232	95.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.72 Å² / B_iso mean: 50.952 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→145.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43236	0	852	579	44667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	44926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.982	60932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.337	5	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.086	24.241	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.478	15	7856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.841	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	33077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.48	1.5	27424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.904	2	44416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.471	3	17502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.489	4.5	16516

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	613	-
R_work	0.343	11492	-
all	-	12105	-
obs	-	-	89.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4795	0.6508	0.109	1.1204	-0.0207	0.693	-0.0199	0.016	0.1595	-0.1482	0.0111	0.1778	0.0361	-0.1345	0.0088	0.1412	-0.0198	0.0477	0.0701	-0.041	0.1058	31.1849	74.3045	63.7149
2	1.0489	0.01	-0.4601	1.3873	-0.3805	1.5507	-0.0361	-0.0186	0.0161	-0.1459	-0.0107	-0.3278	0.1414	0.1826	0.0468	0.1391	-0.0055	0.1137	0.0682	-0.0506	0.1658	70.2879	74.3387	65.5493
3	1.3132	0.0404	0.6554	1.3207	-0.133	1.8637	-0.0278	-0.1823	0.1123	0.05	0.16	0.5689	-0.2032	-0.4482	-0.1322	0.2677	0.0714	0.1035	0.1402	0.1157	0.3616	35.3026	129.4817	57.7429
4	1.2296	-0.0059	0.0047	2.4793	0.4272	0.7807	-0.0594	-0.216	-0.0114	0.3275	0.0779	-0.2699	-0.241	0.2057	-0.0185	0.4041	-0.0304	0.0618	0.1418	0.0106	0.0815	72.4074	129.2331	70.1512
5	0.8941	0.38	0.3911	1.668	1.3171	1.7317	-0.0619	-0.2038	0.4645	-0.0327	-0.1335	0.3881	-0.2981	-0.4931	0.1954	0.325	0.0289	0.151	0.4843	-0.2619	0.5286	26.645	100.3458	112.225
6	1.3603	-0.3284	0.2458	1.5529	0.1544	1.6519	0.079	-0.3622	0.3775	0.0567	-0.0605	-0.2363	-0.0218	0.1531	-0.0184	0.2555	-0.1171	0.0923	0.3914	-0.2525	0.225	63.8139	90.1624	118.1888
7	1.4298	-0.4844	-0.0749	1.8914	-0.0527	0.8053	-0.0151	-0.0316	-0.1892	0.199	0.0518	0.8696	-0.0798	-0.1609	-0.0366	0.0709	0.028	0.125	0.0766	-0.0046	0.5246	30.3995	212.3158	156.3549
8	1.3271	-0.0313	0.4287	1.4803	-0.1331	1.2132	0.0097	-0.0257	0.0392	0.126	0.023	-0.0399	-0.0913	0.1727	-0.0327	0.1144	-0.016	-0.0064	0.0709	-0.0295	0.0153	69.457	212.3993	154.9776
9	1.3179	0.0631	-0.6746	1.7547	-0.1989	1.8291	0.0135	0.1947	-0.0708	0.0201	0.1978	0.8116	0.0855	-0.4551	-0.2114	0.2138	-0.0422	-0.0065	0.1553	0.161	0.5301	34.6734	157.2155	162.1342
10	1.3049	0.2137	-0.0788	2.8825	0.4607	0.7485	-0.0712	0.2617	-0.1543	-0.3104	0.129	-0.3614	0.1737	0.2057	-0.0578	0.2999	0.0135	-0.0158	0.186	-0.017	0.1302	71.9699	157.4557	150.4228
11	0.925	0.0562	-0.2294	1.0287	0.9017	1.6011	-0.1051	0.2176	-0.2772	-0.1863	-0.1631	0.6639	0.2224	-0.4789	0.2683	0.3972	-0.036	-0.3125	0.4938	-0.1813	0.8377	26.4972	186.1793	107.61
12	1.4694	0.4421	-0.2555	1.8951	-0.1158	1.507	0.0432	0.3837	-0.3429	-0.3305	-0.0862	-0.1028	0.0142	0.1898	0.043	0.4039	0.0939	-0.1242	0.3765	-0.1609	0.1334	63.8575	196.3595	102.2672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	81 - 159
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	160 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	276 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	313 - 466
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	81 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	160 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	276 - 312
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	313 - 466
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	81 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	160 - 275
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	276 - 312
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	313 - 466
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	4	D	81 - 159
18	X-RAY DIFFRACTION	4	D	160 - 275
19	X-RAY DIFFRACTION	4	D	276 - 312
20	X-RAY DIFFRACTION	4	D	313 - 466
21	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 80
22	X-RAY DIFFRACTION	5	E	81 - 159
23	X-RAY DIFFRACTION	5	E	160 - 275
24	X-RAY DIFFRACTION	5	E	276 - 312
25	X-RAY DIFFRACTION	5	E	313 - 466
26	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 80
27	X-RAY DIFFRACTION	6	F	81 - 159
28	X-RAY DIFFRACTION	6	F	160 - 275
29	X-RAY DIFFRACTION	6	F	276 - 312
30	X-RAY DIFFRACTION	6	F	313 - 466
31	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 80
32	X-RAY DIFFRACTION	7	G	81 - 159
33	X-RAY DIFFRACTION	7	G	160 - 275
34	X-RAY DIFFRACTION	7	G	276 - 312
35	X-RAY DIFFRACTION	7	G	313 - 466
36	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 80
37	X-RAY DIFFRACTION	8	H	81 - 159
38	X-RAY DIFFRACTION	8	H	160 - 275
39	X-RAY DIFFRACTION	8	H	276 - 312
40	X-RAY DIFFRACTION	8	H	313 - 466
41	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 80
42	X-RAY DIFFRACTION	9	I	81 - 159
43	X-RAY DIFFRACTION	9	I	160 - 275
44	X-RAY DIFFRACTION	9	I	276 - 312
45	X-RAY DIFFRACTION	9	I	313 - 466
46	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 80
47	X-RAY DIFFRACTION	10	J	81 - 159
48	X-RAY DIFFRACTION	10	J	160 - 275
49	X-RAY DIFFRACTION	10	J	276 - 312
50	X-RAY DIFFRACTION	10	J	313 - 466
51	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 80
52	X-RAY DIFFRACTION	11	K	81 - 159
53	X-RAY DIFFRACTION	11	K	160 - 275
54	X-RAY DIFFRACTION	11	K	276 - 312
55	X-RAY DIFFRACTION	11	K	313 - 466
56	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 80
57	X-RAY DIFFRACTION	12	L	81 - 159
58	X-RAY DIFFRACTION	12	L	160 - 275
59	X-RAY DIFFRACTION	12	L	276 - 312
60	X-RAY DIFFRACTION	12	L	313 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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