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- PDB-3tdi: yeast Cul1WHB-Dcn1P acetylated Ubc12N complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tdi
タイトルyeast Cul1WHB-Dcn1P acetylated Ubc12N complex
要素
  • Defective in cullin neddylation protein 1
  • NEDD8-conjugating enzyme UBC12
キーワードLigase/protein binding / E2:E3 / Ligase-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / ubiquitin-like protein binding / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / Neddylation / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / protein-macromolecule adaptor activity ...E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / ubiquitin-like protein binding / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / Neddylation / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / protein-macromolecule adaptor activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues ...Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD8-conjugating enzyme UBC12 / Defective in cullin neddylation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Scott, D.C. / Monda, J.K. / Bennett, E.J. / Harper, J.W. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex.
著者: Scott, D.C. / Monda, J.K. / Bennett, E.J. / Harper, J.W. / Schulman, B.A.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Defective in cullin neddylation protein 1
A: Defective in cullin neddylation protein 1
C: NEDD8-conjugating enzyme UBC12
D: NEDD8-conjugating enzyme UBC12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5124
ポリマ－54,5124
非ポリマー00
水2,468137
1
B: Defective in cullin neddylation protein 1
A: Defective in cullin neddylation protein 1
D: NEDD8-conjugating enzyme UBC12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6103
ポリマ－51,6103
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
2
B: Defective in cullin neddylation protein 1
A: Defective in cullin neddylation protein 1
C: NEDD8-conjugating enzyme UBC12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6103
ポリマ－51,6103
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.906, 98.421, 143.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Defective in cullin neddylation protein 1


分子量: 24353.648 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 70-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DCN1, YLR128W, L3111 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12395
#2: タンパク質・ペプチド NEDD8-conjugating enzyme UBC12 / RUB1-conjugating enzyme / RUB1-protein ligase / Ubiquitin carrier protein 12


分子量: 2902.372 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: L2142.3, UBC12, YLR306W / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P52491, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20% PEG3350, 0.1M Bis-Tris Propane, 0.2M Na/K tartrate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.91917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月16日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 21323 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2.8 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.3-2.380.372.60.37165.8
2.38-2.48176.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 12.819 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26614 1092 5.2 %RANDOM
Rwork0.20271 ---
obs0.20583 19970 90.05 %-
all-23736 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å2-0 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 0 137 3776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.975061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9325427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46724.899198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57415687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5061516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.52148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40723488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.76931597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6984.51570
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 61 -
Rwork0.248 1050 -
obs--64.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4536-0.26070.33160.4238-0.15830.11890.0128-0.00360.03080.037-0.00590.0418-0.0554-0.0115-0.00690.06170.0235-0.00150.0625-0.02230.1147-9.1179-10.86-17.0884
21.83790.0152-0.17210.2420.06530.05880.00390.0335-0.0504-0.0004-0.019-0.01750.0129-0.00070.01510.05270.00960.00490.0597-0.00780.1175-14.0691-36.8944-12.0903
312.2389-7.6566-2.989911.831116.535233.43710.2860.2629-0.59180.3389-0.49430.06511.0416-1.18990.20830.0593-0.0354-0.01620.0972-0.12150.2543-9.7624-49.4532-20.4596
44.7133-5.12695.39535.6832-5.88546.17960.11960.51410.4204-0.1742-0.5945-0.36520.11530.59490.47490.11690.0590.0520.1660.06750.2892-7.8031-0.6717-23.2059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A68 - 150
2X-RAY DIFFRACTION1A151 - 228
3X-RAY DIFFRACTION2B69 - 153
4X-RAY DIFFRACTION2B154 - 248
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 13
6X-RAY DIFFRACTION4D1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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