PDB-3td9: Crystal structure of a Leucine binding protein LivK (TM1135) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3td9

タイトル

Crystal structure of a Leucine binding protein LivK (TM1135) from Thermotoga maritima MSB8 at 1.90 A resolution

要素

Branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / leucine binding / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Leucine binding protein LivK (TM1135) from Thermotoga maritima MSB8 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2011年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3td9.cif.gz	151 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3td9.ent.gz	124.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3td9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3td9_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3td9_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	3td9_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	3td9_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3td9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3td9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1a4i-d 2cch-1 6ecq-d 3p2o-d 3c20-1 1dia-d 1dig-d 2ckg-d 6iqt-d 1ee0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 420134

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

ヘテロ分子

41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

ヘテロ分子

A: Branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.685, 91.315, 90.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein 分子量: 40338.684 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-370 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1135, TM_1135 / プラスミド: MH2T7a / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9X0L9
#2: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH. THE RESIDUES 5-20 WERE DELETED ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH. THE RESIDUES 5-20 WERE DELETED FROM THE THE CONSTRUCT TO REMOVE A PREDICTED TRANSMEMBRANE REGION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.00% polyethylene glycol 400, 2.00M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97920

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月23日 / 詳細: double crystal monochromator

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.9792	1

反射

解像度: 1.9→29.7 Å / Num. all: 28707 / Num. obs: 28707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.102 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-1.95	4.1	0.703	2.2	8564	2075	0.703	100
1.95-2	4.1	0.551	1.4	8411	2040	0.551	100
2-2.06	4.1	0.473	1.6	8263	2003	0.473	100
2.06-2.12	4.1	0.392	1.9	8007	1942	0.392	100
2.12-2.19	4.1	0.32	2.4	7665	1854	0.32	100
2.19-2.27	4.1	0.28	2.7	7489	1816	0.28	100
2.27-2.36	4.1	0.233	3.3	7284	1763	0.233	100
2.36-2.45	4.1	0.212	3.6	7013	1697	0.212	100
2.45-2.56	4.1	0.173	4.4	6700	1623	0.173	100
2.56-2.69	4.1	0.154	4.9	6408	1551	0.154	100
2.69-2.83	4.1	0.128	5.9	6168	1492	0.128	100
2.83-3	4.1	0.114	6.6	5784	1404	0.114	100
3-3.21	4.1	0.093	7.9	5438	1319	0.093	100
3.21-3.47	4.1	0.071	9.7	5083	1239	0.071	100
3.47-3.8	4.1	0.057	11.5	4652	1139	0.057	100
3.8-4.25	4.1	0.049	13.8	4225	1042	0.049	100
4.25-4.91	4	0.043	15.7	3723	923	0.043	100
4.91-6.01	4	0.048	13.4	3169	792	0.048	100
6.01-8.5	3.9	0.048	14.1	2466	631	0.048	100
8.5-29.7	3.6	0.037	14.7	1307	362	0.037	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.781 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1925	1450	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1508	-	-	-
obs	0.1529	28684	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.4 Å² / B_iso mean: 24.934 Å² / B_iso min: 11.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2669	0	61	262	2992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.969	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.92	3	4746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.641	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.073	25	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.111	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.063	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.206	1.5	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.234	2	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.238	3	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.677	4.5	969

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	108	-
R_work	0.231	1962	-
all	-	2070	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.945 Å / Origin y: 31.499 Å / Origin z: 8.816 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0188 Å²	0.0132 Å²	0.0043 Å²	-	0.0084 Å²	0.0031 Å²	-	-	0.0593 Å²
L	0.6029 °²	-0.1164 °²	-0.0148 °²	-	0.3648 °²	0.0768 °²	-	-	0.9432 °²
S	0.0179 Å °	0.0208 Å °	-0.027 Å °	0.0233 Å °	-0.0187 Å °	0.0108 Å °	0.0407 Å °	0.0541 Å °	0.0007 Å °

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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