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- PDB-3tch: Crystal structure of E. coli OppA in an open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tch
タイトルCrystal structure of E. coli OppA in an open conformation
要素Periplasmic oligopeptide-binding protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / peptide-binding domain / peptide transport / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide import across plasma membrane / oligopeptide binding / oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / chaperone-mediated protein folding / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Klepsch, M.M. / Kovermann, M. / Low, C. / Balbach, J. / de Gier, J.W. / Slotboom, D.J. / Berntsson, R.P.-A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Escherichia coli peptide binding protein OppA has a preference for positively charged peptides.
著者: Klepsch, M.M. / Kovermann, M. / Low, C. / Balbach, J. / Permentier, H.P. / Fusetti, F. / de Gier, J.W. / Slotboom, D.J. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2011年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic oligopeptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3881
ポリマ－59,3881
非ポリマー00
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.409, 82.275, 125.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic oligopeptide-binding protein


分子量: 59387.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1243, JW1235, oppA / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23843
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, glycerol, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 41615 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.535 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.98-2.10.354.23282826212192.6
2.1-2.250.2376.67304016313199.8
2.25-2.420.1679.282866559031100
2.42-2.650.11512.63264195454199.9
2.65-2.970.08416.62236434944199.9
2.97-3.420.06321.76206764403199.8
3.42-4.180.05325.94171193757199.8
4.18-5.880.04628.04131862953199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.39 Å
Translation2.5 Å37.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.2.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→37.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2185 / WRfactor Rwork: 0.1786 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8796 / SU B: 7.818 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1695 / SU Rfree: 0.1515 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2081 5 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1803 41615 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.41 Å2 / Biso mean: 31.6446 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4123 0 0 480 4603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.955868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85636996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5645530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91724.975197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57215711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9541517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6381.52632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.141.51042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18724294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81531661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9644.51574
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 129 -
Rwork0.207 2451 -
all-2580 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.9843 Å / Origin y: 18.4006 Å / Origin z: 28.4687 Å
111213212223313233
T0.0604 Å2-0.024 Å20.011 Å2-0.0868 Å20.0026 Å2--0.063 Å2
L0.5691 °20.4069 °20.2482 °2-1.3119 °20.0302 °2--0.7397 °2
S0.1756 Å °-0.0582 Å °-0.0022 Å °0.1922 Å °-0.1665 Å °0.0273 Å °0.0429 Å °-0.0162 Å °-0.0091 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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