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万見
- PDB-3tbm: Crystal structure of a type 4 CDGSH iron-sulfur protein. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tbm
タイトルCrystal structure of a type 4 CDGSH iron-sulfur protein.
要素Putative uncharacterized protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron-sulfur / CDGSH
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron-binding zinc finger CDGSH type / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / L(+)-TARTARIC ACID / Iron-binding zinc finger CDGSH type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.797 Å
データ登録者Lin, J. / Zhang, L. / Ye, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure and Molecular Evolution of CDGSH Iron-Sulfur Domains.
著者: Lin, J. / Zhang, L. / Lai, S. / Ye, K.
履歴
登録2011年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2676
ポリマ－15,3512
非ポリマー9164
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.566, 54.434, 43.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / TYPE 4 CDGSH IRON-SULFUR PROTEIN


分子量: 7675.600 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-66 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
株: GMI1000 / 遺伝子: RSc2912 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XVB9
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.5% PEG 5000, 0.9M potassium sodium tartrate, 100mM Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.797→50 Å / Num. all: 14675 / Num. obs: 13780 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 9.05 / Num. unique all: 593 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.797→22.47 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 704 5.12 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.2073 13744 93.17 %-
all-14751 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.282 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.212 Å20 Å2-5.9196 Å2
2---7.3263 Å2-0 Å2
3---6.832 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.797→22.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数958 0 46 94 1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6451388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.171396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005178
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.797-1.93570.2761310.2058224181
1.9357-2.13030.25091430.2018252391
2.1303-2.43830.25791390.2077270897
2.4383-3.07070.27541520.2168278299
3.0707-22.47210.22961390.1987278698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1595-0.4757-3.07784.54681.1286.24420.14350.28550.3132-0.39720.3369-0.6305-0.05290.4167-0.3610.1414-0.00480.02130.1252-0.01010.137214.815225.089413.126
28.99915.4359-0.62424.0471-2.28114.8566-0.04161.0128-0.3185-0.55090.97020.30160.8395-0.4393-0.73290.43290.0359-0.16650.3358-0.03260.38434.629314.38775.3946
32.57331.629-0.8692.27280.6461.4447-0.36410.65380.4979-0.4369-0.07960.5008-0.5632-0.04060.2120.41260.0858-0.19881.0080.11850.54583.206123.01693.6594
44.8750.3281.55674.11630.57363.56130.1009-0.0818-0.03030.0944-0.03710.6031-0.3384-0.3187-0.04940.15460.01130.04460.07090.02020.16874.986624.422718.4768
54.62730.4201-1.09954.55990.05265.0287-0.0584-1.25190.49560.99270.0643-0.4696-0.22890.5391-0.03470.2441-0.0308-0.040.244-0.02960.117413.080225.226125.2855
65.56971.545-0.67815.671-1.2445.9435-0.08460.5837-0.4065-0.51450.02070.20610.1096-0.09640.08570.13430.00290.00410.0957-0.02150.156710.730612.055410.1768
78.7840.34080.06962.19312.0192.5423-0.38380.22551.1484-0.63830.27350.0022-0.86810.09830.09750.2536-0.0073-0.06590.26010.0160.545221.821724.517112.329
83.85922.12242.95621.21431.49072.65410.32310.4846-1.2446-0.01320.5699-1.4740.2990.8126-0.54610.26370.02680.03670.5367-0.16910.879423.885815.005911.0633
94.69311.25541.46765.4766-0.26394.04190.05110.07610.23370.4195-0.0644-0.25950.00240.1850.01480.10920.01640.01350.07340.01770.105714.532913.07921.1811
102.4572-1.6484-0.04956.7650.39916.17340.2493-0.411-0.520.5415-0.06691.15740.2265-0.9541-0.85410.1156-0.04230.0620.06650.08630.19215.113510.398123.5987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:18)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 19:29)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 30:36)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 37:58)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 59:66)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 5:21)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 22:27)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 28:37)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 38:56)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 57:66)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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