PDB-3t9y: Crystal structure of GNAT family acetyltransferase Staphylococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t9y

タイトル

Crystal structure of GNAT family acetyltransferase Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516

要素

Acetyltransferase, GNAT family

キーワード

TRANSFERASE / PSI-BIOLOGY / Structural genomics / Midwest center for structural genomics / MCSG / acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of GNAT family acetyltransferase Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t9y.cif.gz	76.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t9y.ent.gz	57.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t9y_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t9y_full_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示
XML形式データ	3t9y_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	3t9y_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7m14-3 2b9u-2 7an4-1 2b9u-3 1mtp-d 5v42-1 5v3z-1 1ojr-d 1c8o-d 3ejk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC106663

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetyltransferase, GNAT family

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase, GNAT family

ヘテロ分子

A: Acetyltransferase, GNAT family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.711, 91.746, 53.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-172- HOH
2	1	A-228- HOH

詳細

(x,y,x) and (x,-y+1,-z)

#1: タンパク質	Acetyltransferase, GNAT family 分子量: 17730.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_1980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q2FF97, UniProt: A0A0H2XI93*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Cl, 40% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 11945 / Num. obs: 11346 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 425 / % possible all: 73.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.919 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.182
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2279	464	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1731	-	-	-
all	0.1758	9704	-	-
obs	0.1758	9704	81.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.75 Å² / B_iso mean: 35.5671 Å² / B_iso min: 15.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1101	0	23	88	1212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264	1.989	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.791	24.107	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.729	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.201	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.794	1.5	685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.236	2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.093	3	485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.162	4.5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.639	3	1170

LS精密化シェル

解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	15	-
R_work	0.174	346	-
all	-	361	-
obs	-	361	42.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7674	0.1124	0.5413	0.1013	0.2481	0.7185	0.0274	-0.0325	-0.0445	0.0101	-0.0042	-0.0021	0.0424	-0.0239	-0.0232	0.1615	-0.0021	-0.0021	0.1192	0.0069	0.1377	30.1643	24.1942	7.476
2	0.1609	0.0935	0.1515	0.2661	0.0215	0.32	-0.0004	0.021	0.0114	-0.0184	0.0057	-0.0061	0.0188	0.0096	-0.0052	0.157	0.0009	-0.0022	0.1277	0.0008	0.1327	27.7689	27.7183	-4.4721
3	0.1538	0.1059	-0.0505	0.4546	-0.0931	0.2259	0.014	-0.0015	-0.0156	0.024	-0.009	-0.0007	0.0123	0.0165	-0.0051	0.1526	0.002	-0.0026	0.1323	-0.0014	0.1363	29.5533	31.0968	7.8608
4	0.0171	0.0088	0.0086	0.2963	-0.0784	0.03	0.0026	-0.0005	0.0005	0.014	-0.0116	0.0078	-0.0059	-0.0088	0.009	0.1553	-0.0009	0.0026	0.1293	0.0015	0.1312	25.0573	43.446	5.5062
5	0.0126	-0.0309	-0.0329	0.4491	0.0564	0.1035	-0.0065	0.0101	0.0105	-0.0115	0.0122	0.0154	-0.0035	-0.0028	-0.0058	0.1548	-0.0005	-0.0024	0.1291	0.0022	0.1334	21.7171	39.9819	6.421
6	0.1409	0.1803	-0.0612	0.3541	-0.0078	0.1695	0.0086	-0.0114	0.0071	0.0149	-0.002	-0.0025	0.0146	-0.0174	-0.0066	0.1583	-0.0018	0.0006	0.1301	0.0052	0.129	18.7101	31.4511	14.466
7	1.3988	-1.059	0.1171	1.2164	-0.185	0.4497	0.0182	0.0123	-0.0487	0.0626	-0.0084	0.0682	-0.0822	-0.0566	-0.0098	0.148	0.0034	0.0146	0.1304	0.0082	0.1279	22.805	44.729	10.9187
8	0.2084	-0.5889	0.1461	1.793	-0.4437	0.11	0.077	-0.2228	-0.3215	-0.5557	0.2334	0.9933	0.1436	-0.083	-0.3103	0.5537	0.0171	-0.3562	1.3141	0.157	0.5564	8.8737	38.8036	5.5283
9	0.1437	-0.1378	0.0594	0.1509	-0.1859	1.2157	0.0396	-0.0082	-0.0155	-0.0107	0.0294	0.022	-0.0367	-0.11	-0.069	0.1631	-0.0245	-0.0037	0.1162	0.005	0.1379	13.3087	46.2761	-2.9722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	44 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	59 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	73 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	88 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	108 - 118
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	119 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	136 - 147

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