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- PDB-3t9g: The crystal structure of family 3 pectate lyase from Caldicellulo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t9g
タイトルThe crystal structure of family 3 pectate lyase from Caldicellulosiruptor bescii
要素Pectate lyase
キーワードLYASE / PL3 / parallel beta-helix / pectate lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase / pectate lyase activity / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase PlyH/PlyE-like / Pectate lyase / 3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / pectate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: A 1.5 A resolution X-ray structure of the catalytic module of Caldicellulosiruptor bescii family 3 pectate lyase.
著者: Alahuhta, M. / Chandrayan, P. / Kataeva, I. / Adams, M.W. / Himmel, M.E. / Lunin, V.V.
履歴
登録2011年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectate lyase
B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,21927
ポリマ－42,2662
非ポリマー1,95425
水9,476526
1
A: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8539
ポリマ－21,1331
非ポリマー7208
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,36618
ポリマ－21,1331
非ポリマー1,23417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Pectate lyase
ヘテロ分子

A: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,21927
ポリマ－42,2662
非ポリマー1,95425
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.514, 146.685, 162.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-215-

ACT

21B-403-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pectate lyase


分子量: 21132.855 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 268-460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
遺伝子: Athe_1854, Cbes_1854 / プラスミド: pET-45b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9MKT4, pectate lyase

-
非ポリマー , 10種, 551分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris, 50% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射モノクロメーター: HELIOS MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 70692 / Num. obs: 70692 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.15 % / Rsym value: 0.0446 / Net I/σ(I): 24.73
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.97 % / Mean I/σ(I) obs: 8.23 / Num. unique all: 12550 / Rsym value: 0.1495 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EE6

1ee6


解像度: 1.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.095 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17846 3543 5 %RANDOM
Rwork0.14325 ---
all0.14501 66898 --
obs0.14501 66898 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 0 121 526 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0223483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4221.9714776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27735624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9335477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17727.432148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40315599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.625152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3351.52174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4131.5891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19223576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.29831309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0854.51186
LS精密化 シェル解像度: 1.497→1.536 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 241 -
Rwork0.198 4770 -
obs-4770 97.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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