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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t94 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) II complexed with 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine and sulfate | ||||||
要素 | 5'-methylthioadenosine phosphorylase (MtaP) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA/BETA / BETA BARREL / nucleoside phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.452 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: A corrected space group for Sulfolobus sulfataricus 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase II. 著者: Zhang, Y. / Zwart, P.H. / Ealick, S.E. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: The crystal structure of 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase II from Sulfolobus solfataricus, a thermophilic enzyme stabilized by intramolecular disulfide bonds. 著者: Zhang, Y. / Porcelli, M. / Cacciapuoti, G. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t94.cif.gz | 686.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t94.ent.gz | 569.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3t94_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3t94_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3t94_validation.xml.gz | 76.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3t94_validation.cif.gz | 106 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t94 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1cg6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30177.795 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q97W94, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-MTA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, BIS-TRIS, PH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→40 Å / Num. all: 301528 / Num. obs: 301528 / % possible obs: 97.2 % / Biso Wilson estimate: 12.46 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / Num. unique all: 42086 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CG6 解像度: 1.452→39.668 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8155 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.816 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.18 Å2 / Biso mean: 28.7796 Å2 / Biso min: 15.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.452→39.668 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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