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Yorodumi- PDB-3t94: Crystal structure of 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylas... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3t94 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) II complexed with 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine and sulfate | ||||||
Components | 5'-methylthioadenosine phosphorylase (MtaP) | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA/BETA / BETA BARREL / nucleoside phosphorylase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationS-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.452 Å | ||||||
Authors | Zhang, Y. / Ealick, S.E. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012Title: A corrected space group for Sulfolobus sulfataricus 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase II. Authors: Zhang, Y. / Zwart, P.H. / Ealick, S.E. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006Title: The crystal structure of 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase II from Sulfolobus solfataricus, a thermophilic enzyme stabilized by intramolecular disulfide bonds. Authors: Zhang, Y. / Porcelli, M. / Cacciapuoti, G. / Ealick, S.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3t94.cif.gz | 686.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3t94.ent.gz | 569.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3t94.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3t94_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3t94_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML | 3t94_validation.xml.gz | 76.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 3t94_validation.cif.gz | 106 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t94 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1cg6S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30177.795 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Sulfolobus solfataricus (archaea) / Plasmid: PET-22B(+) / Production host: ![]() References: UniProt: Q97W94, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase #2: Chemical | ChemComp-MTA / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: AMMONIUM SULFATE, BIS-TRIS, PH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 8-BM / Wavelength: 0.97946 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2004 |
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.45→40 Å / Num. all: 301528 / Num. obs: 301528 / % possible obs: 97.2 % / Biso Wilson estimate: 12.46 Å2 |
| Reflection shell | Resolution: 1.45→1.53 Å / Num. unique all: 42086 / % possible all: 93 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1CG6 Resolution: 1.452→39.668 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8155 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / Phase error: 24.8 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.816 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 99.18 Å2 / Biso mean: 28.7796 Å2 / Biso min: 15.19 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.452→39.668 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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