PDB-3t8k: The crystal structure of a functionally unknown protein Lebu_0176...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t8k

タイトル

The crystal structure of a functionally unknown protein Lebu_0176 from Leptotrichia buccalis C-1013-b

要素

uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center f or structural genomics / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / alpha-hairpin repeat (Ankyrin repeat) fold

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Leptotrichia buccalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.769 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally unknown protein Lebu_0176 from Leptotrichia buccalis C-1013-b
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t8k.cif.gz	163.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t8k.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t8k_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t8k_full_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示
XML形式データ	3t8k_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	3t8k_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4y0m-2 5y4z-d 6ipn-d 4xev-d 1qqn-d 4gni-2 3atv-d 1ngd-d 6yz3-1 6q7w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100533

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.193, 101.019, 108.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that the A and B chains form a dimer.

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 21771.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis (バクテリア) 株: C-1013-b / 遺伝子: Lebu_0176 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: C7NDE2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.2M Ammonium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月31日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.769→34 Å / Num. all: 38999 / Num. obs: 38999 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 39.6
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1939 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.769→33.962 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2152	1951	5.01 %	random
R_work	0.1787	-	-	-
all	0.1805	38932	-	-
obs	0.1805	38932	98.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.463 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0267 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.3136 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.2869 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.769→33.962 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2986	0	0	325	3311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	4114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.354	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	455
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	514

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7687-1.813	0.2911	125	0.2568	2413	X-RAY DIFFRACTION	90
1.813-1.862	0.2818	152	0.2268	2529	X-RAY DIFFRACTION	98
1.862-1.9168	0.2803	146	0.2107	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9168-1.9786	0.2514	139	0.1877	2567	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9786-2.0494	0.2161	142	0.1759	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0494-2.1314	0.2185	133	0.1711	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1314-2.2284	0.2077	130	0.1667	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2284-2.3458	0.2033	142	0.1694	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3458-2.4928	0.243	155	0.1766	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4928-2.6852	0.2338	143	0.193	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6852-2.9552	0.2303	136	0.1863	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9552-3.3825	0.2155	130	0.1892	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3825-4.2603	0.1784	147	0.1612	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2603-33.9685	0.1945	131	0.1683	2841	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4855	0.5534	-0.1379	2.2351	-0.9815	1.1937	0.0205	0.0155	-0.1132	-0.1022	0.0222	-0.2938	-0.15	0.0898	-0.0059	0.229	-0.0757	0.0817	0.1649	-0.0327	0.1658	9.7401	-10.5547	67.463
2	1.44	0.5247	-0.1468	1.7042	0.1943	1.3184	0.0288	0.0405	-0.0269	0.1378	-0.0349	-0.07	0.1591	0.0176	0.0091	0.0297	-0.0012	-0.0073	0.0748	0.0037	0.063	2.9956	-7.7428	90.1767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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