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- PDB-3t89: Crystal structure of Escherichia coli MenB, the 1,4-dihydroxy-2-n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t89
タイトルCrystal structure of Escherichia coli MenB, the 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase in vitamin K2 biosynthesis
要素1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
キーワードLYASE / crotonase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / bicarbonate binding / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Li, H.-J. / Li, X. / Liu, N. / Zhang, H. / Truglio, J. / Mishra, S. / Kisker, C. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanism of the Intramolecular Claisen Condensation Reaction Catalyzed by MenB, a Crotonase Superfamily Member.
著者: Li, H.J. / Li, X. / Liu, N. / Zhang, H. / Truglio, J.J. / Mishra, S. / Kisker, C. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.J.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,94921
ポリマ－192,5076
非ポリマー1,44115
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37110 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area45530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.509, 133.997, 153.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / MenB / DHNA-CoA synthase


分子量: 32084.572 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b2262 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0ABU0, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→50 Å / Num. obs: 113570 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-1.986.50.53754540.693195.8
1.98-2.026.50.45455490.739196.3
2.02-2.066.60.39155270.796196.8
2.06-2.16.60.3455250.854197.1
2.1-2.156.60.2955840.928197.6
2.15-2.26.60.24956240.961197.6
2.2-2.256.70.22855660.946197.9
2.25-2.316.70.21456460.937198
2.31-2.386.80.18756420.979198.3
2.38-2.466.90.17556290.924198.4
2.46-2.5470.1656621.03198.5
2.54-2.6570.13856761.062198.5
2.65-2.777.10.12156921.023198.8
2.77-2.917.10.11156951.125198.6
2.91-3.17.10.09857301.005199.1
3.1-3.337.10.08857611.119199.1
3.33-3.677.10.07857671.116199.2
3.67-4.26.90.0758071.101199.3
4.2-5.296.80.06858950.954199.6
5.29-506.90.06561390.817199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H02

3h02


解像度: 1.949→42.884 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 5691 5.01 %
Rwork0.1856 --
obs0.1873 113502 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.341 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.9 Å2 / Biso mean: 27.1458 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7064 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.9913 Å2-0 Å2
3----6.7151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.949→42.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11750 0 96 449 12295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83616300
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3994295
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9485-1.97070.30371670.22243395356293
1.9707-1.99390.29872010.22523482368397
1.9939-2.01820.27081920.2193498369096
2.0182-2.04370.26071680.21133481364997
2.0437-2.07060.27141960.20753522371897
2.0706-2.0990.2482040.20493469367397
2.099-2.1290.25971770.20383567374497
2.129-2.16070.26581850.19113540372598
2.1607-2.19450.24882150.18423545376098
2.1945-2.23050.22972050.18323500370598
2.2305-2.26890.21411630.18633578374198
2.2689-2.31020.25461810.1933576375798
2.3102-2.35460.24111610.18893586374798
2.3546-2.40270.23661850.19333597378298
2.4027-2.45490.25011840.19553577376198
2.4549-2.5120.24631800.19483589376998
2.512-2.57480.23212080.19423577378598
2.5748-2.64450.22761930.18593593378699
2.6445-2.72230.2441980.18163584378299
2.7223-2.81010.24231770.18983614379199
2.8101-2.91050.2291890.19473624381399
2.9105-3.0270.24362000.1933622382299
3.027-3.16480.22372040.18363608381299
3.1648-3.33150.21292000.18313650385099
3.3315-3.54020.20981900.18823645383599
3.5402-3.81340.1931820.17483709389199
3.8134-4.19680.16031770.15673683386099
4.1968-4.80340.16672060.153137233929100
4.8034-6.04910.17641840.180237683952100
6.0491-42.89420.212190.19563909412899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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