[日本語] English
万見
- PDB-3t7z: Structure of Methanocaldococcus jannaschii Nop N-terminal domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t7z
タイトルStructure of Methanocaldococcus jannaschii Nop N-terminal domain
要素Nucleolar protein Nop 56/58
キーワードPROTEIN BINDING / alpha beta fold / RNP assembly and methylation / L7Ae / box C/D RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D methylation guide snoRNP complex / snoRNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Nop5, N-terminal domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily ...: / Nop5, N-terminal domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Uncharacterized NOP5 family protein MJ0694
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Biswas, S. / Maxwell, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
著者: Gagnon, K.T. / Biswas, S. / Zhang, X. / Brown, B.A. / Wollenzien, P. / Mattos, C. / Maxwell, E.S.
履歴
登録2011年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleolar protein Nop 56/58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3314
ポリマ－14,1571
非ポリマー1743
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.695, 86.511, 129.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-124-

HOH

21A-173-

HOH

31A-181-

HOH

41A-191-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleolar protein Nop 56/58 / Uncharacterized NOP5 family protein MJ0694


分子量: 14157.104 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-119) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58105
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, 0.2M Zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0, 0.97924
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月20日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979241
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 12790 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 38.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→35.958 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 615 5.04 %random
Rwork0.2017 ---
all0.2032 ---
obs0.2032 12202 84.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.792 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.2164 Å20 Å20 Å2
2--3.9293 Å20 Å2
3---5.2871 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数961 0 11 71 1043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0281009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1931363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.532368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.169146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.87110.285860.2441705X-RAY DIFFRACTION51
1.8711-2.14180.24411690.20973073X-RAY DIFFRACTION91
2.1418-2.69830.24711860.19743334X-RAY DIFFRACTION98
2.6983-35.96630.21671740.19823475X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.9052 Å / Origin y: 8.9238 Å / Origin z: -17.5078 Å
111213212223313233
T0.1497 Å2-0.0005 Å20.0398 Å2-0.1322 Å20.0167 Å2--0.1264 Å2
L1.0212 °20.4403 °20.3064 °2-1.3981 °20.3057 °2--0.8377 °2
S0.0296 Å °0.0972 Å °0.1396 Å °0.079 Å °-0.0004 Å °0.1831 Å °-0.0916 Å °0.1542 Å °-0.0186 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る