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- PDB-3t7y: Structure of an autocleavage-inactive mutant of the cytoplasmic d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t7y
タイトルStructure of an autocleavage-inactive mutant of the cytoplasmic domain of CT091, the YscU homologue of Chlamydia trachomatis
要素Yop proteins translocation protein U
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta / self-cleaving / type III secretion system / transmembrane / inner membrane / cytoplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
secretion proteins EscU / name from scop / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / SUCCINIC ACID / Yop proteins translocation protein U
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Singer, A.U. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Saikali, P. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of an autocleavage-inactive mutant of the cytoplasmic domain of CT091, the YscU homologue of Chlamydia trachomatis
著者: Singer, A.U. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Saikali, P. / Anderson, W.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2011年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yop proteins translocation protein U
B: Yop proteins translocation protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,15518
ポリマ－21,4472
非ポリマー70816
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
2
A: Yop proteins translocation protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1209
ポリマ－10,7241
非ポリマー3968
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Yop proteins translocation protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0359
ポリマ－10,7241
非ポリマー3128
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.365, 68.365, 37.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 249:342 )
211chain B and (resseq 249:342 )
詳細The dimeric structure is dependent in this crystal form on the ions and therefore it could also be monomeric.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Yop proteins translocation protein U


分子量: 10723.506 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 249-345 / 変異: N263A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cut with TEV during purification, but then papain added to crystallization setup
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/CX / 遺伝子: CT_091, yscU / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold magic / 参照: UniProt: O84093

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非ポリマー , 5種, 95分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% Tacsimate,1% DMSO 0.1 M Hepes pH 7.5 plus 0.1 mg/ml papain. Cryoprotected with 40% tacsimate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 13224 / Num. obs: 12628 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 27.875
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 63.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Swiss-prot model from PDB 3BZP

3bzp


解像度: 2.1→31.58 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 21.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 547 4.85 %
Rwork0.1881 --
obs0.1897 11286 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.01 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1097 Å20 Å20 Å2
2---0.1097 Å20 Å2
3---0.2194 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1444 0 41 79 1564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2682163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.794597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004276
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A739X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B739X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.31130.22731340.19692605X-RAY DIFFRACTION96
2.3113-2.64560.22591480.20222715X-RAY DIFFRACTION100
2.6456-3.33260.24661200.19682712X-RAY DIFFRACTION100
3.3326-31.58390.21241450.17642707X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9008-1.2670.07356.00530.10634.01770.00090.13780.3898-0.1821-0.0507-0.0503-0.2848-0.05290.04230.1305-0.02740.02110.1677-0.00070.1268-2.141812.999-1.4948
26.87111.06940.1993.21810.38564.87640.0055-0.23940.1980.1045-0.0221-0.3379-0.07040.31580.01180.15890.00890.01270.1171-0.01040.1283-21.705924.23292.2282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 230:360)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 230:360)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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