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- PDB-3t7l: Crystal structure of the FYVE domain of endofin (ZFYVE16) at 1.1A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t7l
タイトルCrystal structure of the FYVE domain of endofin (ZFYVE16) at 1.1A resolution
要素Zinc finger FYVE domain-containing protein 16
キーワードTRANSPORT PROTEIN / structural genomics consortium / SGC / zinc finger / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol binding / vesicle organization / Signaling by BMP / protein targeting to lysosome / endosomal transport / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of endocytosis / early endosome membrane / early endosome / intracellular membrane-bounded organelle ...1-phosphatidylinositol binding / vesicle organization / Signaling by BMP / protein targeting to lysosome / endosomal transport / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of endocytosis / early endosome membrane / early endosome / intracellular membrane-bounded organelle / signal transduction / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3480 / Zinc finger FYVE domain containing protein, SARA/endofin / Smad anchor for receptor activation-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3480) / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) ...Domain of unknown function DUF3480 / Zinc finger FYVE domain containing protein, SARA/endofin / Smad anchor for receptor activation-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3480) / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger FYVE domain-containing protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Williams, E. / Guo, K. / Sanvitale, C. / Berridge, G. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Canning, P. / Phillips, C. / Shrestha, A. ...Chaikuad, A. / Williams, E. / Guo, K. / Sanvitale, C. / Berridge, G. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Canning, P. / Phillips, C. / Shrestha, A. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the FYVE domain of endofin (ZFYVE16) at 1.1A resolution
著者: Chaikuad, A. / Williams, E. / Guo, K. / Sanvitale, C. / Berridge, G. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Canning, P. / Phillips, C. / Shrestha, A. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. ...著者: Chaikuad, A. / Williams, E. / Guo, K. / Sanvitale, C. / Berridge, G. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Canning, P. / Phillips, C. / Shrestha, A. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2011年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger FYVE domain-containing protein 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4374
ポリマ－10,2441
非ポリマー1933
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.944, 42.944, 76.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-65-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger FYVE domain-containing protein 16 / Endofin / Endosome-associated FYVE domain protein


分子量: 10244.052 Da / 分子数: 1 / 断片: FYVE domain (UNP residues 733-820) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0305, ZFYVE16 / プラスミド: pNIC-Zb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q7Z3T8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NaNO3, 10% Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9611 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→28.64 Å / Num. all: 30800 / Num. obs: 30734 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 6.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.09→1.15 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4404 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.09→22.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.747 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.027
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15423 1550 5 %RANDOM
Rwork0.14182 ---
all0.168 30734 --
obs0.14244 29183 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→22.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数581 0 6 86 673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.957931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0143.0131220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.421595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76322.66730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06215130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.662157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.37552
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.118 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 98 -
Rwork0.268 1914 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.1987-14.4191-2.227917.19322.41627.2081-0.2879-0.27120.80810.29950.0881-0.47-0.25540.24990.19980.09690.0567-0.00490.13320.02770.200715.4127.82226.645
21.4491-1.08620.42212.0909-0.9251.39140.04910.1172-0.0112-0.1264-0.0624-0.03470.05090.14120.01320.01970.00750.00440.02930.00280.012129.969-6.77428.605
31.9349-0.3126-0.15661.5511-0.74722.64060.00250.113-0.0846-0.10640.07710.25760.1003-0.3675-0.07960.0258-0.0116-0.01330.06420.00810.050216.717-4.47128.95
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A735 - 740
2X-RAY DIFFRACTION2A741 - 764
3X-RAY DIFFRACTION3A765 - 808

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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