PDB-3t7g: Atg8 transfer from Atg7 to Atg3: a distinctive E1-E2 architecture...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t7g

タイトル

Atg8 transfer from Atg7 to Atg3: a distinctive E1-E2 architecture and mechanism in the autophagy pathway

要素

Autophagy-related protein 3
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

キーワード

LIGASE / Atg7 / Atg3 / autophagy / E1

機能・相同性

機能・相同性情報

Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / protein modification by small protein conjugation / C-terminal protein lipidation / phagophore / glycophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Taherbhoy, A.M. / Tait, S.W. / Kaiser, S.E. / Williams, A.H. / Deng, A. / Nourse, A. / Hammel, M. / Kurinov, I. / Rock, C.O. / Green, D.R. / Schulman, B.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Atg8 transfer from atg7 to atg3: a distinctive e1-e2 architecture and mechanism in the autophagy pathway.
著者: Taherbhoy, A.M. / Tait, S.W. / Kaiser, S.E. / Williams, A.H. / Deng, A. / Nourse, A. / Hammel, M. / Kurinov, I. / Rock, C.O. / Green, D.R. / Schulman, B.A.

履歴

登録	2011年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t7g.cif.gz	248.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t7g.ent.gz	201.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t7g_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t7g_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	3t7g_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3t7g_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t7eC 3t7fSC 3t7hC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1r1n-2 1xc1-1 1xc1-6 5eyk-1 3rhx-1 2xyu-d 6t6k-d 4p5z-d 2y6o-d 4elp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (16) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1)

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ユビキチン (Ubiquitin)
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リシン (Ricin)
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#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

D: Autophagy-related protein 3

C: Autophagy-related protein 3

70.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

C: Autophagy-related protein 3

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

D: Autophagy-related protein 3

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.135, 99.429, 71.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2 分子量: 33422.285 Da / 分子数: 2 / 断片: NTD, UNP residues 1-289 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ATG7, APG7, CVT2, YHR171W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38862
#2: タンパク質・ペプチド	Autophagy-related protein 3 / Autophagy-related E2-like conjugation enzyme ATG3 分子量: 2036.193 Da / 分子数: 2 / 断片: FR, UNP residues 128-144 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40344
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 58224

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T7F

3t7f

解像度: 2.08→33.212 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	2944	5.07 %
R_work	0.1817	-	-
obs	0.1829	58121	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.027 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.6167 Å²	-0 Å²	1.1302 Å²
2-	-	-2.5522 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.1689 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→33.212 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4550	0	0	190	4740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4683
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	6379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.42	1665
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	817

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0801-2.1142	0.2711	108	0.2395	2149	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1142-2.1506	0.2237	146	0.211	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1506-2.1897	0.2397	145	0.2087	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1897-2.2318	0.2694	165	0.2081	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2318-2.2774	0.2246	144	0.2054	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.3269	0.2082	153	0.1919	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3269-2.381	0.1977	95	0.1982	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.381-2.4405	0.2379	143	0.2014	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4405-2.5065	0.2312	141	0.1992	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5065-2.5802	0.238	151	0.1986	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5802-2.6634	0.2427	146	0.2	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6634-2.7586	0.2358	149	0.2137	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7586-2.869	0.2303	128	0.1929	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.869-2.9995	0.2171	144	0.1829	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9995-3.1575	0.2215	137	0.1931	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1575-3.3552	0.2017	136	0.1821	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3552-3.6139	0.2117	136	0.1713	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6139-3.9771	0.194	139	0.1583	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9771-4.5513	0.1622	151	0.1485	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5513-5.7294	0.1805	156	0.1626	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7294-33.2162	0.2074	131	0.2007	2729	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4051	-0.2105	0.1973	1.8939	0.1673	1.5329	0.0882	0.1277	0.2175	0.0178	-0.0093	-0.2303	0.023	-0.1701	-0.081	0.2229	-0.0017	0.0166	0.1729	0.0449	0.1643	5.7361	-39.2644	23.2275
2	3.7009	-2.4641	-0.0191	5.0548	0.1996	2.5265	0.672	0.9142	0.5718	-1.204	-0.5737	-0.8808	0.0284	0.2931	-0.0628	0.5689	0.2166	0.2181	0.4509	0.1459	0.5348	32.167	-63.295	15.5551
3	5.0928	0.2075	-1.6495	6.2123	-1.339	5.9501	-0.4771	-0.0515	0.2949	-0.2361	-0.395	-0.6652	0.1855	0.8298	0.8473	0.4288	-0.0033	0.146	0.5748	0.0677	0.879	29.5606	-35.1262	18.7285
4	1.2401	3.5535	0.7693	1.9993	2.2032	0.4778	0.552	0.123	-1.7962	0.63	-0.0304	-0.8423	0.5515	0.307	-0.3949	0.607	0.1177	-0.1817	0.4448	-0.083	1.1881	39.0236	-59.4836	37.6246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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