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- PDB-3t7f: Atg8 transfer from Atg7 to Atg3: a distinctive E1-E2 architecture... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t7f
タイトルAtg8 transfer from Atg7 to Atg3: a distinctive E1-E2 architecture and mechanism in the autophagy pathway
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
キーワードLIGASE / Atg7 / autophagy / E1
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / protein modification by small protein conjugation / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site ...Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / protein modification by small protein conjugation / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / autophagosome assembly / mitophagy / Neutrophil degranulation / macroautophagy / autophagy / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Taherbhoy, A.M. / Tait, S.W. / Kaiser, S.E. / Williams, A.H. / Deng, A. / Nourse, A. / Hammel, M. / Kurinov, I. / Rock, C.O. / Green, D.R. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Atg8 transfer from atg7 to atg3: a distinctive e1-e2 architecture and mechanism in the autophagy pathway.
著者: Taherbhoy, A.M. / Tait, S.W. / Kaiser, S.E. / Williams, A.H. / Deng, A. / Nourse, A. / Hammel, M. / Kurinov, I. / Rock, C.O. / Green, D.R. / Schulman, B.A.
履歴
登録2011年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5631
ポリマ－33,5631
非ポリマー00
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.856, 74.677, 76.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2


分子量: 33562.969 Da / 分子数: 1 / 断片: NTD, UNP residues 1-289 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATG7, APG7, CVT2, YHR171W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38862
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4
詳細: 9.2% isopropanol, 0.1M potassium thiocyanate, 0.1M citrate buffer pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97924
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→40 Å / Num. obs: 26234

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89→33.88 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 17.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 2006 7.83 %
Rwork0.175 --
obs0.177 25618 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.3 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.314 Å20 Å20 Å2
2--2.0552 Å2-0 Å2
3---0.2588 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→33.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2324 0 0 323 2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0253257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.797883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.95720.19761760.16121937X-RAY DIFFRACTION81
1.9572-2.03560.23691830.16682303X-RAY DIFFRACTION95
2.0356-2.12820.2122070.16792398X-RAY DIFFRACTION99
2.1282-2.24040.19181970.15822377X-RAY DIFFRACTION98
2.2404-2.38070.19482070.16172396X-RAY DIFFRACTION99
2.3807-2.56450.19072050.1712423X-RAY DIFFRACTION99
2.5645-2.82240.2032070.18232441X-RAY DIFFRACTION100
2.8224-3.23050.1852080.18112451X-RAY DIFFRACTION100
3.2305-4.0690.18481950.16652287X-RAY DIFFRACTION92
4.069-33.88940.19342210.18442599X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6439 Å / Origin y: 22.8174 Å / Origin z: 53.915 Å
111213212223313233
T0.0202 Å2-0.0048 Å2-0.0016 Å2-0.0043 Å20.0111 Å2--0.0125 Å2
L0.7109 °2-0.2632 °2-0.2534 °2-0.6047 °20.231 °2--0.6663 °2
S-0.0542 Å °-0.0066 Å °-0.0728 Å °0.0587 Å °0.0024 Å °0.035 Å °0.0821 Å °-0.0553 Å °0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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