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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t71 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Steccherinum ochraceum Laccase obtained by multi-crystals composite data collection technique (90% dose) | |||||||||
要素 | Laccase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / BETA BARREL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | STECCHERINUM OCHRACEUM (ニクハリタケ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Ferraroni, M. / Briganti, F. / Matera, I. / Kolomytseva, M. / Golovleva, L. / Scozzafava, A. / Chernykh, A.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2012 タイトル: Reaction intermediates and redox state changes in a blue laccase from Steccherinum ochraceum observed by crystallographic high/low X-ray dose experiments. 著者: Ferraroni, M. / Matera, I. / Chernykh, A. / Kolomytseva, M. / Golovleva, L.A. / Scozzafava, A. / Briganti, F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t71.cif.gz | 325 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t71.ent.gz | 261 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3t71_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3t71_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3t71_validation.xml.gz | 75.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3t71_validation.cif.gz | 110.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t71 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 52829.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) STECCHERINUM OCHRACEUM (ニクハリタケ) 株: 1833 / 参照: UniProt: I1SB14*PLUS |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 4種, 1424分子
#3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / pH: 9 詳細: 1.9 M ammonium sulphate, 0.01 M zinc chloride, pH 9.0, vapor diffusion, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.003 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC, 225 MM / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→19.8 Å / Num. obs: 88910 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 90.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3T6V 解像度: 2.15→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.128 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.2481 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
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