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- PDB-3t62: Crystal structure of recombinant Kunitz Type serine protease Inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t62
タイトルCrystal structure of recombinant Kunitz Type serine protease Inhibitor-1 from the Caribbean Sea anemone Stichodactyla helianthus in complex with bovine chymotrypsin
要素
  • Chymotrypsinogen A
  • Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / chymotrypsin-inhibitor complex / Kunitz-type serine protease inhibitor / secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / chymotrypsin / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A / PI-stichotoxin-She2a
類似検索 - 構成要素
生物種Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garcia-Fernandez, R. / Dominguez, R. / Oberthuer, D. / Pons, T. / Gonzalez-Gonzalez, Y. / Chavez, M.A. / Betzel, C. / Redecke, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insights into chymotrypsin inhibition by the Kunitz-type inhibitor-1 from the marine invertebrate Stichodactyla helianthus
著者: Garcia-Fernandez, R. / Dominguez, R. / Oberthuer, D. / Pons, T. / Gonzalez-Gonzalez, Y. / Chavez, M.A. / Betzel, C. / Redecke, L.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsinogen A
D: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
B: Chymotrypsinogen A
E: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
C: Chymotrypsinogen A
F: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,89213
ポリマ－95,2206
非ポリマー6727
水9,962553
1
A: Chymotrypsinogen A
D: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9324
ポリマ－31,7402
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
2
B: Chymotrypsinogen A
E: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2207
ポリマ－31,7402
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
3
C: Chymotrypsinogen A
F: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7402
ポリマ－31,7402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.706, 199.706, 54.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Chymotrypsinogen A / alpha-chymotrypsin A


分子量: 25686.037 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1


分子量: 6053.913 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: P31713
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月2日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→29.216 Å / Num. all: 55522 / Num. obs: 55522 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MTN

1mtn


解像度: 2→22.508 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8518 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 1968 3.6 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1913 54651 99.73 %-
all-55522 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.052 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 268.57 Å2 / Biso mean: 48.4405 Å2 / Biso min: 6.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.439 Å20 Å20 Å2
2---0.439 Å2-0 Å2
3---0.8779 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→22.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6540 0 35 553 7128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0889226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8322363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.28671420.248838173959100
2.05-2.10540.29391400.228537193859100
2.1054-2.16730.26881420.220537983940100
2.1673-2.23720.30141390.28337533892100
2.2372-2.31710.4121390.344537393878100
2.3171-2.40980.28581420.225238053947100
2.4098-2.51930.24171410.197837513892100
2.5193-2.65190.21131410.177237683909100
2.6519-2.81780.23651410.176337863927100
2.8178-3.03490.20161410.184237803921100
3.0349-3.33940.24681410.176837633904100
3.3394-3.82060.22611400.177837273867100
3.8206-4.80580.17361400.13293752389299
4.8058-22.50930.18221390.16543725386498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61380.07380.26711.2726-0.71781.0272-0.0299-0.0167-0.0020.0080.031-0.0519-0.05290.05780.00130.0493-0.0334-0.01530.0713-0.00170.02537.697636.46022.0702
21.8911-0.1708-0.78940.64710.26661.1052-0.04070.00440.1754-0.05340.05740.06210.0756-0.0168-0.02170.0751-0.0358-0.05870.02270.02320.081312.10919.9143-29.088
37.0656-1.7473-1.55190.96430.26531.1673-0.4642-1.1383-0.9950.13070.2802-0.15840.25420.23170.16760.16610.07330.04860.30220.18440.510877.421322.7124.4821
41.7809-1.00290.06091.50110.33770.12860.3760.9426-0.2494-0.5553-0.29440.077-0.05780.4607-0.0670.20670.10960.09670.5448-0.13860.095353.971529.0663-17.1187
50.8978-0.2619-0.21111.3747-0.49040.1913-0.2817-0.2849-0.05970.78310.0776-0.0582-0.27080.25330.220.32260.03750.01550.14910.05970.036613.45144.1402-8.186
60.43010.62010.06860.8649-0.02550.4501-0.15980.1402-0.5608-0.20910.2861-0.15140.0677-0.3314-0.26870.8691-0.2229-0.01290.7980.361.804563.24050.49093.6767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD3 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE3 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF3 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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