PDB-3t5y: Crystal structure of CerJ from Streptomyces tendae - malonic acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t5y

タイトル

Crystal structure of CerJ from Streptomyces tendae - malonic acid covalently linked to the catalytic Cystein C116

要素

(CerJ) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Thiloase superfamily / FabH-like fold / O-malonyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces tendae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Zocher, G. / Bretschneider, T. / Hertweck, C. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A ketosynthase homolog uses malonyl units to form esters in cervimycin biosynthesis.
著者: Bretschneider, T. / Zocher, G. / Unger, M. / Scherlach, K. / Stehle, T. / Hertweck, C.

履歴

登録	2011年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t5y.cif.gz	270.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t5y.ent.gz	229.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s3lC 3t6sC 3t8eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t6s-d 2aqb-1 1j0b-8 3s3l-d 2c6f-2 4ufb-2 5ama-3 1h4f-1 3t8e-d 4ca6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CerJ

B: CerJ

ヘテロ分子

75.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.040, 106.040, 121.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	CerJ 分子量: 37572.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2L2M1*PLUS
#2: タンパク質	CerJ 分子量: 37658.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2L2M1*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 22.5% PEG 4000, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 200 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→30 Å / Num. all: 39987 / Num. obs: 39874 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 2916 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	- Rigid Body	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	- Rigid Body	位相決定

精密化

解像度: 2.12→29.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 11.724 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20816	1994	5 %	RANDOM
R_work	0.16774	-	-	-
obs	0.16981	37875	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→29.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5036	0	12	293	5341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.96	7071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	3	8183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.504	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.818	22.593	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.221	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.863	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.019	4	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.853	4	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.662	4.5	5371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.959	5	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.874	5.5	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	145	-
R_work	0.269	2751	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2892	0.6601	0.4108	1.4087	-0.2016	1.3269	0.1011	-0.0744	-0.0246	0.0472	-0.0102	0.0293	0.0901	0.0632	-0.0909	0.0561	0.0412	0.0368	0.0532	0.0358	0.0465	20.321	6.8124	-26.4083
2	1.0688	0.3084	0.1064	2.0248	-0.0672	1.6455	0.0203	-0.1396	0.3556	0.1766	-0.0379	0.084	-0.3347	0.1505	0.0176	0.1459	-0.0055	0.0679	0.0821	-0.0076	0.1777	28.7358	34.1489	-25.899
3	0.682	0.6761	0.1159	1.0801	0.0411	0.5741	0.015	0.0361	0.0769	-0.0989	0.0066	0.1297	-0.0103	0.0447	-0.0216	0.0939	0.0408	0.0577	0.1094	0.037	0.1176	21.2746	16.1431	-32.8774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 342
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	358 - 359
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 342
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	358
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	360 - 540
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	359 - 470

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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