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- PDB-3t5y: Crystal structure of CerJ from Streptomyces tendae - malonic acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t5y
タイトルCrystal structure of CerJ from Streptomyces tendae - malonic acid covalently linked to the catalytic Cystein C116
要素(CerJ) x 2
キーワードTRANSFERASE / Thiloase superfamily / FabH-like fold / O-malonyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CerJ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces tendae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Zocher, G. / Bretschneider, T. / Hertweck, C. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A ketosynthase homolog uses malonyl units to form esters in cervimycin biosynthesis.
著者: Bretschneider, T. / Zocher, G. / Unger, M. / Scherlach, K. / Stehle, T. / Hertweck, C.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22012年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CerJ
B: CerJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4085
ポリマ－75,2302
非ポリマー1773
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.040, 106.040, 121.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CerJ


分子量: 37572.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2L2M1*PLUS
#2: タンパク質 CerJ


分子量: 37658.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2L2M1*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22.5% PEG 4000, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 200 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→30 Å / Num. all: 39987 / Num. obs: 39874 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 2916 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC- Rigid Body精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC- Rigid Body位相決定
精密化解像度: 2.12→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 11.724 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20816 1994 5 %RANDOM
Rwork0.16774 ---
obs0.16981 37875 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5036 0 12 293 5341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.967071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96438183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.5045686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81822.593216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22115734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8631548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.01943397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.85341408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6624.55371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95951785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8745.51697
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 145 -
Rwork0.269 2751 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28920.66010.41081.4087-0.20161.32690.1011-0.0744-0.02460.0472-0.01020.02930.09010.0632-0.09090.05610.04120.03680.05320.03580.046520.3216.8124-26.4083
21.06880.30840.10642.0248-0.06721.64550.0203-0.13960.35560.1766-0.03790.084-0.33470.15050.01760.1459-0.00550.06790.0821-0.00760.177728.735834.1489-25.899
30.6820.67610.11591.08010.04110.57410.0150.03610.0769-0.09890.00660.1297-0.01030.0447-0.02160.09390.04080.05770.10940.0370.117621.274616.1431-32.8774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 342
2X-RAY DIFFRACTION1A358 - 359
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 342
4X-RAY DIFFRACTION2B358
5X-RAY DIFFRACTION3A360 - 540
6X-RAY DIFFRACTION3B359 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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