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- PDB-3t5n: 1.8A crystal structure of Lassa virus nucleoprotein in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t5n
タイトル1.8A crystal structure of Lassa virus nucleoprotein in complex with ssRNA
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')
キーワードviral protein/RNA / ssRNA / single stranded RNA / viral protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / RNA / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mopeia Lassa reassortant 29 (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.787 Å
データ登録者Hastie, K.M. / Liu, T. / King, L.B. / Ngo, N. / Zandonatti, M.A. / Woods, V.L. / de la Torre, J.C. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the Lassa virus nucleoprotein-RNA complex reveals a gating mechanism for RNA binding.
著者: Hastie, K.M. / Liu, T. / Li, S. / King, L.B. / Ngo, N. / Zandonatti, M.A. / Woods, V.L. / de la Torre, J.C. / Saphire, E.O.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
C: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2124
ポリマ－41,0952
非ポリマー1172
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.159, 71.737, 56.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 39281.867 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mopeia Lassa reassortant 29 (ウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S585
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量: 1813.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: H20 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes, pH 7.0, 18% PEG 3350, 12.5mM MgCl 2 and 7.5mM NiCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.9795, 1.0
ALS 5.0.22
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
211
反射解像度: 1.787→37 Å / Num. obs: 39465 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.787→37 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1491 5.08 %
Rwork0.1823 --
all0.1837 29326 -
obs0.1837 29326 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.894 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1548 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.8956 Å20 Å2
3----2.2591 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.787→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2179 122 2 184 2487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9983201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.728901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7873-1.85120.31891380.30272673X-RAY DIFFRACTION97
1.8512-1.92540.23731570.2252719X-RAY DIFFRACTION100
1.9254-2.0130.2491540.17882753X-RAY DIFFRACTION100
2.013-2.11910.23481440.17682767X-RAY DIFFRACTION100
2.1191-2.25190.18091320.16962781X-RAY DIFFRACTION100
2.2519-2.42570.1821530.17262756X-RAY DIFFRACTION100
2.4257-2.66980.23671550.1812790X-RAY DIFFRACTION100
2.6698-3.05610.22991420.1982805X-RAY DIFFRACTION100
3.0561-3.850.22041630.17362819X-RAY DIFFRACTION100
3.85-45.15090.17481530.17372972X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1646-1.04880.31994.272-1.04991.65660.12250.19650.0254-0.2692-0.2083-0.1970.0330.19930.1130.09620.02010.00340.1719-0.01150.125820.556217.751819.4801
20.6988-0.68810.57970.7373-0.44371.34970.2172-0.0673-0.1684-0.6231-0.3035-0.39291.09410.92770.22240.44090.20040.13370.26460.01670.280727.41342.261617.1735
31.4525-1.16830.40783.9253-0.98311.82960.1590.2191-0.1501-0.5338-0.18040.42740.0805-0.04030.01570.15210.0294-0.05210.1444-0.04870.164410.200318.770416.8915
40.9746-0.237-0.15261.7284-0.04460.43310.00260.0448-0.07270.0698-0.0918-0.0570.08660.07070.06840.09270.0149-0.00180.15810.00940.150221.726712.524727.2169
52.7390.58821.8961.3796-1.08373.12550.48410.1499-0.0431-0.7157-0.53760.20030.5289-0.30860.14940.26950.0875-0.02330.1938-0.02310.170319.64438.675517.0992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:107)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 108:170)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 171:296)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 297:339)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 0:4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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