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- PDB-3t5d: Crystal structure of Septin 7 in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t5d
タイトルCrystal structure of Septin 7 in complex with GDP
要素Septin-7
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTP-binding protein / cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / cleavage furrow / axoneme ...regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / cleavage furrow / axoneme / cilium assembly / stress fiber / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / intracellular protein localization / microtubule cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Septin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zent, E. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical properties of Sept7, a unique septin required for filament formation.
著者: Zent, E. / Vetter, I. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-7
C: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5864
ポリマ－62,7002
非ポリマー8862
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.363, 82.363, 210.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 30 - 295 / Label seq-ID: 7 - 272

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CB
2AA

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要素

#1: タンパク質 Septin-7 / CDC10 protein homolog


分子量: 31349.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT7, CDC10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16181
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.2M sodium chlorid, 1.1M ammonium sulfate, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→71.25 Å / Num. all: 12190 / Num. obs: 12079 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.9 %
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. unique all: 1007 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PRODCデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→71.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 86.942 / SU ML: 0.653 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.619 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31826 581 4.8 %RANDOM
Rwork0.28536 ---
obs0.28696 11498 99.28 %-
all-12079 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8 Å2-3.4 Å20 Å2
2---6.8 Å20 Å2
3---10.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→71.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 56 2 3841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9121.9855270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0425457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96924.728184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22215736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0821524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1650.21715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.22624
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1090.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3791.52425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68223774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.07931710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1294.51496
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
C912tight positional0.010.05
A939medium positional0.130.5
C912tight thermal00.5
A939medium thermal0.032
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 42 -
Rwork0.358 817 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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